将利欧路送回故乡之后，小智等人继续朝着湖滨市前进。
不过在湖滨市的神奇宝贝中心，正准备去挑战道馆的小智忽然感觉自己的脑袋像裂开一样。
“我感觉到了......亚克诺姆。”
原来是神奥地区的反派组织银河队正在捕捉在立志湖的亚克诺姆，而亚克诺姆则对小智发起了求救信号。
亚克诺姆和由克希以及艾姆利多统称“湖之众神”，栖息在神奥地区的三大湖中，传说它们由创世神阿尔宙斯创造，代表了宝可梦世界中人类与宝可梦之间的联系，其中由克希给人类带来了“智慧”，艾姆利多让人类学会了“情感”，亚克诺姆赠与了人类“意志”。
亚克诺姆出事，由克希和艾姆利多也一同现身，不过都被银河队用特殊的科技武器捕捉了起来。
而另一边，赶往立志湖的小智等人直接被由克希他们直接召唤到了银河队的总部，也是由克希他们被关起来的地方。
而小智也发现银河队的老大竟然是之前认识过的赤日。
更让小智惊讶的是，赤日作为反派大boss，捕捉亚克诺姆他们的原因竟然是为了创造新的充满和平的世界！
“有什么好吃惊的啊，大反派不是想统治世界，就是想毁灭世界，这不是很正常的事情吗？而想毁灭世界的大反派里面，总会有几个勤奋一点的，会想着再创造一个。”
小光表示波澜不惊，还嘲讽了赤日一句，“大叔，这年头当反派也要有点新颖的动机好嘛，毁灭世界什么的，太老套了呀！”
不过赤日作为成熟的，才不会跟一个小女孩在言语上较量，行动才是最有力量的语言。
赤日开启了一个古老的祭台，利用亚克诺姆他们的力量，召唤并控制了帝牙卢卡与帕路奇犽，利用他们时间和空间的力量创造新的世界！
“快阻止帝牙卢卡与帕路奇犽！攻击控制了他们的圆环！”
竹兰指挥着烈咬陆鲨使出了“天龙流星”。
同时，皮卡丘的“十万伏特”，波加曼的“泡沫光线”也紧追而至。
不过这些攻击都被帝牙卢卡与帕路奇犽轻松挡了下来。
而在这时，鹿云也只能出现了。
本来鹿云还想看看在这种世界陷入危机的时候，会不会出现其他的神兽什么的来拯救世界，这样得到阿尔宙斯踪迹的可能性就会大很多。
不过现在看来，应该是不会有其他的神兽出现了。
鹿云一出手，就直奔帝牙卢卡与帕路奇犽而去。
“路卡利欧，太危险了，快回来！”
小智急切的喊道，打打普通的神奇宝贝没问题，但对面可是空间之神和时间之神，路卡利欧也太勇了吧！
“他们可不是一般的神奇宝贝，他们是......二班的......”
看着路卡利欧一拳打晕一个神兽，小智也是直接懵了，这是我的路卡利欧，这怕不是阿尔宙斯变得吧！
阻止了银河队，鹿云又解开了银河队对由克希他们的控制。
由克希他们带着帝牙卢卡与帕路奇犽离开，鹿云也把在场的所有银河队的成员全部放逐到异空间之中。
窒息、渴死、饿死等等，至于是哪种死法，就看他们的运气了。
无论是有着多么“高尚”的借口，这种危害世界，拿整个世界的人的安全当儿戏的家伙，根本没有活下去的必要！
解决了这些麻烦，鹿云瞬间消失在众人面前，跟着由克希他们去了某个地方。
而危机解决，小智等人也松了口气。
“小智，这次铃兰大会你不会就是要用刚才的那个路卡利欧吧！”
竹兰担心的问道。
竹兰作为神奥地区的冠军，是会和铃兰大会的冠军交手的，输赢什么的，竹兰不会计较。
但现在，竹兰很担心她的烈咬陆鲨的生命安全！
打神兽都是一拳一个，那她的烈咬陆鲨岂不是很危险。
一旁的烈咬陆鲨瑟瑟发抖，并表示自己吃坏了肚子，不能参加这次比试了。
“放心吧，竹兰小姐！如果我能成为冠军的话，一定会全力以赴，努力说服路卡利欧跟你对战的！”
这种挑战强敌的心情，小智太懂了！
烈咬陆鲨：你懂个6啊！
事情结束，小智继续前前进在收集徽章的道路上，而鹿云则去了一个名为米季纳的地方。
千年前，米季纳遭受了陨石的攻击。而这时，阿尔宙斯出现，击碎了陨石，但也因此受到重创，身上的生命之源也散落到四处。
而一个名为达摩斯的人帮助阿尔宙斯找回了这些生命之源，作为回报，阿尔宙斯用了地面、水、草、雷电、龙五种生命之源，合成生命宝玉并借给达摩斯，让他可以借助生命宝玉的力量让被陨石攻击的米季纳恢复生机。
但在约定好的月食之日，达摩斯的手下奇辛担心没有了生命宝玉，米季纳会重归荒芜，于是用神奇宝贝催眠了达摩斯，让达摩斯下令攻击阿尔宙斯。
失去了这部分的生命之源，阿尔宙斯也陷入沉睡以治疗自己的伤势。
而鹿云通过由克希他们，知道了阿尔宙斯沉眠的地方。
鹿云为阿尔宙斯取回了生命宝玉，阿尔宙斯也将“源核”给了鹿云。
阿尔宙斯虽然有着“创世神”的名号，但并非是这个世界的世界之主，否则也不会当个陨石就精疲力尽了。
最多，阿尔宙斯只能算作是个世界之主“候选人”或者说是“源核”的保管者。
但阿尔宙斯自己也知道，成为世界之主对他来说太难了，也可以说是根本没有希望，所以才用“源核”换回了自己的生命宝玉。
（世界：还不是你自己作的，给你“源核”，是让你先好好发育，然后再发展这个世界，结果自己还有发育好，就开始随便创造起了生命，磨刀不误砍柴工不懂吗！）
拿到了自己想要的东西，鹿云本该离开了，但想到还有一个约定没有完成，鹿云还是留了下来。
另一边，小智也是一路高歌猛进，收集了八个徽章，得到了参加比赛的资格。
而铃兰大会不久之后举行了开幕仪式。
铃兰大会的赛制就简单了很多，就是两两对决然后决出冠军，简单粗暴。
跟其他的大会比赛一样，为了节省时间，前几场比赛都是三对三的对决。
而小智的第一场比赛的对手，是老熟人，吟游诗人，温迪......不对，是尚志先生。
知道尚志先生擅长使用虫系和草系的神奇宝贝，小智则拿出了属性上比较有利的姆克鹰、火岩鼠和赫拉克罗斯。
果然，第一个神奇宝贝，尚志先生派出了草属性和毒属性的罗丝雷朵。
而小智也不愧是小智，在属性占优的情况下，姆克鹰差点被罗丝雷朵一波带走，好在姆克鹰比较顽强，以属性上的优势抗下了罗丝雷朵的攻击。
但不得不用出了伤敌一千，自损三百三十三的“神鸟特攻”，才拿下了比赛的胜利。
然后尚志先生派出了太古盔甲，太古羽虫的进化型，岩石属性和虫属性的神奇宝贝。
姆克鹰在刚才的战斗中早已疲惫不堪，被太古盔甲一招“岩石爆破”直接命中。
“岩石爆破”作为岩石系招式，对有着飞行属性的姆克鹰是有伤害加成的。
本就有所损伤的姆克鹰瞬间被打晕过去，失去了战斗能力。
能同时克制草系和虫系的，只有火系和飞行系，而太古盔甲的岩石属性却完美的克制了火和飞行属性。
所以原本是为了克制虫、草的火岩鼠在面对太古盔甲时，完全没有了属性的优势，而太古盔甲的岩石系招式却可以对火岩鼠造成高额伤害。
很快，火岩鼠就被太古盔甲打倒在地，不过在小智的“意志之吼”的影响下，火岩鼠还是重新站了起来，最后跟太古盔甲打了一个平手。
双方都剩下最后一只神奇宝贝。
尚志先生派出的是音箱蟀，而现在拿出来的，则是赫拉克罗斯。
“小智怎么搞的嘛，第三只是赫拉克罗斯的话，就应该第二个派出场啊！赫拉克罗斯有格斗系的属性和招式，是克制有岩石属性的太古盔甲的，而换下来的火岩鼠对抗音箱蟀属性上也是绝对的优势！”
观众席上的小刚完全不理解小智的做法，都旅行这么多次了，小智怎么还是这样，搞不清神奇宝贝属性的克制关系。
“就是这样，我期待的本来就是赫拉克罗斯和音箱蟀的正面对决！”
没错，小智就是故意的，他要把音箱蟀留给赫拉克罗斯。
小智虽然想成为比赛的冠军，但他没有忘记自己为什么想成为比赛的冠军，过于的在乎胜利，为了胜利而违反本身的初心，这不是小智想要的。
而且，小智相信他的赫拉克罗斯，是绝对不会输给音箱蟀得！
“赫拉克罗斯，使用集中猛击！”
“音箱蟀，使用连切！”
两个虫属性的神奇宝贝，此时就像两个剑客一样，因为使用招式而亮起白光的手臂，就是他们最强的宝剑！