作为战争的两个源头，特列斯和 杰克斯决定用一场足以载入史册的战争灾难让人类意识到和平的可贵。此时的特列斯认为时机已到。地球上的人类在被天秤座用大型光束加农炮轰击之后，必然会感受到战争的恐怖以后就会远离战争。这样就可以保证人类至少百年的和平。
于是特列斯驾驶多鲁基斯2来到天秤座主炮之前，打算用自己的死亡来换回和平。但是杰克斯却认为仅仅是一次攻击不足以让人类警醒，不过特列斯生命的终点确实到了，不愿目睹挚友死亡的杰克斯选择默许坎兹请求开炮的要求。
凄冷的蓝色光芒再次汇聚，特列斯没有抵抗决意赴死，但是这时候一直深爱着特列斯的蕾蒂·安苏醒，并且驾驶着飞翼高达急速冲来，在毁灭光束即将抹杀特列斯的时候，蕾蒂·安用飞翼高达撞开了特列斯的多鲁基斯2。特列斯捡回一命。
意外存活的特列斯不得不硬着头皮继续领导战争，一场惨烈大战在所难免。
大战的双方主力分别是世界国家和白色獠牙，世界国家这边主力公会为风眠公会，东方太阳公会，渔翁公会。
白色獠牙的也是3大主力公会，分别是白矮星公会，洪迈公会，平民战线。
这6大公会是此战的绝对主力，拥有高达的公会则是完成一些隐藏任务，推动剧情发展。
大战开启，楼宇登上了一台杜拉士，世界国家这边兵力以杜拉士为主，白色獠牙那边则是以比尔歇2为主力。
楼宇作为风眠公会的尖兵直接被派出去侦察，但是对面已经给楼宇布下了天罗地网，白色獠牙这边非常忌惮楼宇的个人能力，以前灭世星尘也试图用七月和流宇二人压制楼宇，但是楼宇的个人实力让·灭世星尘的计划数次吃瘪，这一次灭世星尘直接说服了平民战线，让第一纵全员出击给楼宇布下了一个口袋阵。
楼宇闯进来之后就发现有些不对，刚想后撤就发现后路被断，整整15台比尔歇2从四周钻出。楼宇急忙用通讯器呼叫星光小队支援，但是灭世星尘让七月和流宇带人阻截星光小队，
李俊得知消息后非常纠结，灭世星尘集结重兵围剿楼宇，此举看似鲁莽，但是从之后拦截星光小队的手段中又不难看出灭世星尘还有后手。
此时的东方太阳公会和渔翁公会已经前出，风眠公会再不跟进就会脱节，而且李俊还和纳兰白羽达成了互助协定。李俊直接用通讯器和负责支援楼宇的薛虎沟通。薛虎简单了解了李俊的意思之后回复李俊道：你们大部队前插吧，不过要注意拦截我们的部队可能会从侧翼攻击你们。
李俊听后有些懵，忙问薛虎什么意思。薛虎表示自己要带人冲进包围圈和楼宇一起作战，届时拦截星光小队的部队可能会改换攻击目标。
李俊觉得这样做太荒谬了，但是薛虎还是坚定的表示自己可以做到，于是战局开始按照薛虎行动开始变化。
此时的白色獠牙一方让洪迈公会和平民战线在战场上故布迷阵，拖延时间。起初东方太阳公会和渔翁公会还有些畏首畏尾，直到风眠公会跟了上来，没有了被偷屁股的可能之后。东方太阳公会和渔翁公会才开始变得主动起来。
此时，高达们也开始出击，先是沈静冉潜入天秤座，然后就触发了剧情，天秤座的主炮开始蓄力。另一边的薛虎没有闲着，直接将海螺等人收容在oZ穿梭机上，然后开始突破。
oZ穿梭机
七月和流宇想要阻拦，薛虎直接让烈焰和雷暴伏特全力反击，4门光束加农炮猛烈开火。起初七月以为薛虎要放弃楼宇跑路，却发现薛虎一头扎向了楼宇所在的方向。七月瞬间笑了，不离不弃嘛？
七月决定放薛虎进去，然后自己带人和第一纵联手困死星光小队。七月让流宇去找一直在附近游弋的灭世星尘，让灭世星尘执行b方案。
包围圈内，楼宇正在拼命抵抗，第一纵围而不杀只在远处用光束炮攻击，同时也能避免近战被楼宇瞬杀的风险。楼宇的注意力已经非常集中了，但是还是被打中了一枪，眼看楼宇就要被打爆，海螺三人赶到救下了楼宇。
薛虎冲进来之后立刻就把海螺等人放了出去，让三人驰援楼宇在最紧急的关头成功将楼宇救下，然后楼宇回到穿梭机修理机体，海螺三人开始沿外围反击，随后而至的七月提示让第一纵避战，能围死星光小队就行了，毕竟在七月看来，第一纵虽然强，但是还是没有和星光小队拼命的资本。
由于天秤座开始积聚主炮能量，万年和平号决定撞击天秤座，这个隐藏任务由吉恩公国执行，另一只鸭子亲自驾驶万年和平号撞向天秤座。
杰古斯驾驶艾比安高达抵挡，被燕飞云上，青花瓷，大秦龙魂，鬼王潮联手击退。万年和平号撞进了天秤座的主炮口内，让天秤座的主炮无法发射。
战局进入到了第二阶段，第二阶段是属于高达们的。首先就是燕飞云上潜入天秤座寻找被关押的五位博士，青花瓷，和鬼王潮前去挑战桃乐丝企图用这种方式切断桃乐丝对系统md的控制。大秦龙魂则是去找特列斯单挑。同时沈静冉也开始向着飞翼零式高达移动。
白色獠牙这边也没有闲着，天秤座的主炮已经无法发射，特列斯授意坎兹将天秤座撞向地球，巨大的天秤座一旦落在地球上的任意一点就会造成毁灭性的伤害，同样能达成让人类感受到战争的可怕。
事情发展到这一幕纳兰白羽坐不住了，让部队拼命冲击白色獠牙的防线，企图救下特列斯改变剧情剧情拿下奖励。本来纳兰白羽已经和李俊达成了君子协定，风眠公会帮助东方太阳公会拿下奖励，事后东方太阳会给风眠公会足够的报酬。但是现在风眠公会掉在后面，无法给予东方太阳帮助，纳兰白羽只能让部下去冲杀，向特列斯那边靠拢。
风眠公会这边倒也不是不想帮忙，只是公会主力之一的星光小队被围，身后又有白矮星虎视眈眈，李俊也不好作为。
在后面游弋的白矮星公会也是忍不住了，灭世星尘直接下达总攻的命令，一时间无论是围困星光小队的部队，还是灭世星尘亲自带领的部队都对风眠公会发起了猛烈冲击。
风眠公会大部队这边还好，在薛虎的先知先觉之下，迎接白矮星公会第一波攻势的是风澜小队，战斗力不俗且早有准备的风澜小队直接打退了白矮星的第一波攻势。
但是星光小队这边就非常艰难了，星光小队的oZ穿梭机在围攻之下耐久度降到了冰点，机体刚修好的楼宇想要出击，却被薛虎拦下。
薛虎说：你现在出去也没有用，局势已定，这一次我们注定要被吃掉了。
楼宇重重吐了口气说：那怎么办，等死啊！
薛虎看着楼宇说：你可是蓝色彗星，大神，你想办法，我全力执行。
楼宇撇了撇嘴，开始思考对策。
一直在暗中观察的七月此时并没有发现什么异常，星光小队看上去已经是强弩之末了，之前星光小队几次极具威胁的突围都被七月出手截了回来，现在看来星光小队已经没有办法再组织像样的突围了。
果不其然，星光小队的oZ穿梭机开始爆炸，直到断断续续的爆炸声停止，七月才带人上前查看。七月来到oZ穿梭机跟前，突然剑光一闪，七月的机体直接被斩成了两截。楼宇竟然在这种爆炸中存活了下来，并且保持着良好的战斗能力，一剑解决了七月，然后杜拉士变为mA扬长而去。
面对绝境楼宇使出了36计中的瞒天过海，利用游戏中已经爆炸过的部位不会再爆炸的机制，将机体藏在安全地带，等到七月等人前来确认胜利时，再突然暴起击毙七月，然后利用mA形态的高速直接遁走。
逃离的楼宇想回去帮助李俊，李俊却让他去支援东方太阳公会，说是什么答应人家的事不能做不到。
一头黑线的楼宇来到了纳兰白羽这边，纳兰白羽看见楼宇来了问了一句：你们风眠公会来了多少人？
楼宇尴尬一笑道：就我一个。
纳兰白羽瞪大了眼睛看着楼宇，有些错愕，缓了半天纳兰白羽才说了一句：我们这要作战意图是救下特列斯，我已经让洛宸和陆枕过去了，你也过去帮帮忙就行了。
楼宇领命赶往特列斯所在方向，特列斯的生死是关乎战斗走向的重要环节，此时大秦龙魂正在激烈搏杀特列斯，但是特列斯一心求死，几招之后就卖了个破绽，想让大秦龙魂杀死自己，结束战争。
这时候洛宸和陆枕一左一右杀出挡住了大秦龙魂，特列斯有些不理解，直接表示只有自己死亡，才能结束战争。但是作为玩家的洛宸等人知道，即使特列斯身死也只换来了1年的和平。这种牺牲不值得。
洛宸和陆枕的机体战斗能力远逊于大秦龙魂的双头龙，很快就被大秦龙魂甩来，大秦龙魂端起光束三叉戟就要一击戳死不做抵抗的特列斯。
这时候楼宇杀到一脚把特列斯踹开，大声怒斥特列斯：如果你心向和平就应该自己去见证，现在这场战斗已经扭曲了，天秤座撞击地球会毁了地球的。
特列斯猛然醒悟，回头看向依旧向着地球飞去的天秤座，终于明白了过来。大秦龙魂还想补刀，结果这一次的攻击被特列斯招架，现在的特列斯心中的火焰再度燃起，他不允许自己在这里死去。
特列斯，楼宇，洛宸，陆枕4人联手杀退大秦龙魂，剧情改变了。而剧情改变的第一幕就是特列斯的喊话。
我是前oZ总帅特列斯，现任世界国家代表，不想地球毁灭的人类啊，一起出手吧。
特列斯的话语给世界国家和高达们上了一层bUFF，并且任务也变成了摧毁天秤座。
杰古斯不知道为什么剧情会变成这样，他就坐在艾比安高达内一动不动，身边诺因相伴，直到沈静冉开着飞翼零式高达来到杰古斯面前质问。
沈静冉质问杰古斯：如果天秤座撞击地球，让地球上的人类毁灭，是你的计划吗？
和特列斯不同，杰古斯没有被系统赋予那么多自主性，根本无法回答沈静冉的问题，只能呆立在原地不动。
杰古斯不出手，白色獠牙的3大公会就成了倒霉蛋，所有的炮火都在向着他们集中，随着高达们的参战，局势逐渐变的不可逆。天秤座也被打的分崩离析。
沈静冉见杰古斯没有反应就去执行最后的击破天秤座碎片的任务了，不过这一段比原着中要来的轻松，所有玩家的炮火都集中向了天秤座的碎片，恍惚间又看到了当初众人跟随阿姆罗一起推月神二号的画面。
最后除了特列斯成功存活，其他的都没有什么变化，《新机动战记高达w》的最后一战落下了帷幕，只可惜这一战并没有带来和平。而是引发了更多的战争。