叶树声在9月28日时直接供述自己是强奸杀人犯，我是怎么怎么作案，这是不正常的，在此后的供述中，他不止一次提到自己这次供述是真的，以前说了假话，是为了蒙混过关，这就充分说明在他做出有罪供述之前，是有过无罪供述的。
按照刑事诉讼法的相关规定，司法机关在办案时，被询问人员无论有罪还是无罪的供述，都应该收集并装入卷宗内，叶树声的卷宗里却没有一份无罪供述，这太不符合常理，这些缺失的笔录很有可能对叶树声有利，并对此案的真实性产生影响。
原办案单位代表对此解释说：犯罪嫌疑人到案后，很少会立即如实供述自己的犯罪事实，通常都会抗拒审讯，五天后取得突破性口供是正常现象。
9月28日，在公安机关做了大量工作后，叶树声对其犯罪事实第一次做出了比较系统的供述，但自2005复查工作开展以来，始终没有找到此阶段其它询问笔录材料。
张焕英的代理律师王光武指出：现存卷宗材料显示，公安机关在办理“叶树声案”过程中严重违反法定程序，一些重要法律文书有变造嫌疑。讯问笔录的日期标注混乱，页码涂改严重，现场笔录形成过程不符合法律规定，只有一个人签字而且没有见证人。
原办案单位代表解释道：叶树声9月23日被带到石门市公安局西郊区分局进行审查后，办案民警对其供述情况有一个核实印证的过程。审讯笔录编号看似混乱，实则有序，是各部门分别编写的，后面的部门对前面的部门起监督作用。
张焕英的代理律师赵树亭指出：叶树声的作案时间和被害人黄桂花的死亡时间都有很大疑点。叶树声没有一次供述过自己1994年8月5日作案，他的描述都是非常含糊的。
当年办案机关认定黄桂花的死亡时间和叶树声的作案时间是在1994年8月5日下午6点左右，叶树声到案后有9次供述提到作案时间，其中6次都是反复不定的，当年的办案机关曾提取了叶树声所在工厂车间案发当月的考勤表，但这一重要证据却没有出现在卷宗里。
叶树声工作的石门市冶金机械厂距离案发现场有5公里左右，骑车大约需要20分钟，如果1994年8月5日叶树声上班，下午6点下班，他不可能刚一下班就赶到5公里外的现场作案。
除了这几个疑点，赵树亭和王光武还指出了另一个关键的隐蔽细节，在受害人黄桂花尸体旁边的草丛里，有一串不起眼的钥匙，在“叶树声案”的现场勘查笔录中，详细描述了这串钥匙的具体位置，但叶树声的供述中却从来没有提到这串钥匙。
相反刘书金的卷宗里记载，他在供述和指认现场时，曾多次提到过这串钥匙，他指认钥匙在现场的具体位置和“叶树声案”的现场勘查笔录高度一致。没有到过现场的人，根本不可能知道有这串钥匙，能够如此精确地说出它的位置，说明他才是此案的真正凶手。
原办案单位代表解释说：犯罪嫌疑人在实施犯罪时，在精神高度紧张的状态下，对一些物品和枝节问题记不清楚是正常的。本案是强奸杀人案，犯罪嫌疑人对被害人穿着印象深刻，对其他细节没有印象，这在犯罪心理学上完全可以解释。
张焕英的代理律师王光武指出：“叶树声案”中的许多证据，尤其是叶树声的口供，是涉嫌通过刑讯逼供的非法手段取得的，不具备法律效力。
叶树声的母亲张焕英说：当年与儿子关在同一看守所的纪晓勇说，他与叶树声一同关在看守所105监号，两人经常聊天，叶树声曾向他表示自己曾经遭到过刑讯逼供。
原办案单位代表称：2005年4月，幽燕省人民检察院曾组成调查组，对“叶树声案”是否存在刑讯逼供的问题进行过调查。
调查组围绕此案的侦查、批捕、起诉、审判等环节进行了大量调查工作，询问了此案的辩护律师、看守所管教干警、办案人员等多人。得出的结论是：没有发现有关办案人员存在刑讯逼供的问题。
关于纪晓勇的证词，调查证据显示叶树声在进入看守所后一直羁押在102室，纪晓勇因多次诈骗犯罪判刑，当时被关押在105室，二人不可能经常聊天。
张焕英的代理律师王光武指出：法律文书显示叶树声于1995年4月27日被执行死刑，而他却在1995年5月13日亲笔书写了刑事上诉状。
在执行照片上，叶树声身穿羽绒服跪在雪地中，根据从石门市气象局调取的当期气象数据显示，1995年4月石门市没有下雪，如果死刑在雪地中执行，实际执行时间应该是在1996年1月13日以后。
张焕英激动地说，自己在1995年5月13日拿着法官开的证明到火葬场去领取儿子的骨灰，而这一天儿子还活着写了上诉状。照片显示执行死刑时是下雪的冬天，这几个月儿子被弄到哪里去了？自己拿回家的骨灰又是谁的？
原办案单位代表意见解释道：案卷中有法院院长签发的死刑执行命令，有1995年4月27日验明正身的笔录，上面有叶树声本人的手印。
石门市西郊看守所1995年4月27日当天的值班报告也记载，叶树声当天被执行了死刑。死刑执行现场是石门市红泽河刑场，当时正值枯水季节，河中水位下降了很多，露出了河里的沙地，看起来像是一片雪地，执行的工作人员穿的是春秋装，也不是冬装。
至于叶树声上诉状落款5月13日，则很明显是他的笔误。
4月20日的二审提审笔录显示，叶树声承认自己已提出过上诉，齐鲁省高级人民法院经过笔迹鉴定，确认上诉状是叶树声本人书写，不存在他被执行死刑后还写上诉状的问题。