吴原，字道本，别号云坡居士，漳浦县云霄镇人。生于家道中落的地方名绅之家，自幼勤于攻读，且颖慧过人，甚得父母钟爱，及青年时，乃父吴永绥视其为可塑之材，遂天将军山西北麓的山峦间筑庐，特供其所建造的云霄和溪“树德岩”佛寺分灵至此的香火于其中，让吴原在此专心研读。34岁的吴原考中进士，初授兵科给事中，便上疏“正心、任贤、重爵赏、节用度、斥异端”五事，被朝廷采纳。
吴原与同僚上《请溥恩惠方嗣续疏》，却因触及后宫隐讳而受斥责。吴原官晋兵科都给事中，时明廷宦官结党霸道，设西厂监视朝野，人心惶惶，吴原不畏阉党权势，以国事为重，毅然上书认为设西厂有违祖制，应予革除。可惜一时不但未被采用，反而获罪于宦官集团，受到排挤，期间昊原又遭父丧，返乡丁忧。
明廷罢废西厂，鼾因“贪恣误国”而危及滇南、辽东边陲的阉党守臣，此事确缘于吴原的秉直奏议之功，迨弘治之初，吴原始升任太仆少卿、寺卿，继任户部右侍郎。告假回乡探母，越二年，转任左侍郎，总理京城仓储，时年60岁。他秉公执法，宽严有度，对京畿仓场多年屡发的窃案惩治有方，甚得人心，从此盗贼不敢横行。
两浙水灾严重，吴原奉旨以户部左侍郎兼左佥都御史之职，前往赈灾。他详察灾情，普施恩泽，并劝导当地富户平粜储谷3000多万石，募捐7万两银，协助政府赈救灾民，依受灾损失的严重程度而分别予以发放。同时，吴原表奏请朝廷豁免灾区民间累年所欠税赋，缓解了社会矛盾，让百姓得以度过灾荒，期间还组织修筑海堤以利抗洪，并严令申禁当地溺杀或遗弃女婴之恶习，同时他以倡设“育婴堂”。
时地方官府出现滥采矿藏，与地方奸妄之辈相互勾结，藉此肆意毁坏良田，敲诈民财、危害百姓，吴原探悉核实此情，断然下令堵塞滥开之矿穴，保住大量实际无存矿产的良田，让分期农民普遍获益，万众感戴殊深，当地民众因此为吴原建造“长生祠”多处，以祈祷天佑这位德昭万姓的吴侍郎。吴原的为人确亦“器度伟甚，其待人宽厚坦夷”，“凡政务可否，惟理之视，不以豪右寡弱异徇”。
吴原逝世于京城，自此后“长生祠”皆被扩建为“吴侍郎庙”，当年吴原病逝京都，孝宗皇帝特赐宝镪3000贯，以地卿之礼敕葬“大明少司徒”。由其子吴举人梦麒扶柩回乡，并敕有司营葬吴原于云霄驿后山，又派工部官员黎尧卿督葬。
吴原在朝与李东阳、商辂、刘大夏关系密切，称为“四友”，他好读《春秋》，喜吟咏，着有《南行录》、《浙巡录》、《行囊录》、《奏议稿》及诗若干卷，均散佚。弟吴震，成化举人，官广东提举；吴泰，成化进士，未仕而卒；从兄吴森，天顺进士，任浙江参政；从弟吴瓌，成化进士，任云南布政使；子吴梦麒，举人。