“回来了，过去多久了...”本田站在一颗突破云层的巨树顶，远远望去，就看到一片绿色的茂密森林。
空中有成群的，篮球大小，有着双眼和小嘴巴的白色生物漂浮，是幼年期的浮游兽。
‘嘟嘟~’不时的有汽笛声响起，一个个长着脸，各型各态的火车头，拉着车厢，沿着铁轨穿梭在森林中，这些都是机车兽。
目光所及，全都是各型各态的野兽，没有任何人类的痕迹，而这些有着智慧的野兽，有一个名字，叫做数码兽。
这里是数码世界！
没错，本田此时又回到了数码世界。
主世界的要紧事，都已经解决了。
本田击败了贝卡斯，成为第一任决斗王，同时也将武藤爷爷和海马兄弟的灵魂解救出来，还得到了国际幻想社60%的股份。
并且，夺走了千年眼，成功让千年眼认主，还得到了守墓一族的千年神器守护者的认可，还将黑化的贝卡斯，重新洗白，可以说皆大欢喜。
在决斗王国的比赛结束后，本田将一些和自己有关的事情都处理完毕，算是解放了。
至于，国际幻想公司和海马集团的合作，帮助海马集团平息内乱，决斗怪兽规则的修改等等，这些事情，都是贝卡斯的工作，本田也帮不上什么忙。
忙完了所有事，本田可以回归校园生活，和武藤游戏等人一样，当一名普普通通的高中生。
对武藤游戏等人来说，是一切都结束了。
但对本田来说，只是阶段性的结束。
为了击败贝卡斯，在决斗王国比赛期间，本田可是接连奔波了两个异世界。
在这期间，本田认识了不少朋友，得到了很多的帮助，成长了很多，成功得到了对抗贝卡斯的千年眼的力量。
可是，本田同时也许下了很多的承诺，有了许多的牵绊。
尤其是数码世界...
本田第一次来到数码世界时，成为了被选召的孩子，乘坐机车兽从人类世界，来到了数码世界，按照提示前往‘森林终点站’。
但被选召的孩子，不光是本田一个，而是有很多被选召的孩子，都是上小学、初中的年纪，全都是懵懵懂懂，连自己都照顾不好的小孩。
这些孩子的目的地，也是‘森林终点站’。
本田不能放任不管，任由这些孩子们，孤立无助的在这个‘野兽’横行的数码世界里流浪，就带着这些孩子一起前往‘森林终点站’，一路保护照顾这些孩子们。
途中经历了很多事，遇到了很多的危险，在冒险旅途中，还得到了上古十斗士之一，代表着钢之斗士的古代贤者兽的帮助。
更准确来说，是古代贤者兽的一个细小碎片。
经历了许多事情后，本田最终得知一个残酷的真相。
本田率领的这群孩子，不是真正的被选召的孩子，全都是伪·为选召的孩子，是用来凑数，混淆视听的。
这些孩子们的存在，就是当诱饵，吸引敌人的注意力，以此来保护真正的被选召的孩子们。
早在人类世界时，乘坐机车兽来到数码世界前，被选召的孩子们就已经指定好了。
能够让人类变身成数码兽，拥有上古十斗士力量的‘斗士精神’都是内定的。
虽然知道了这个残酷的真相，但也没有回到人类世界的办法，本田只能带领孩子们继续前进，前往‘森林终点站’。
经过千辛万苦，来到‘森林终点站’后，本田才弄清楚一切的原因。
让人类的孩子们来数码世界的是‘神圣天女兽’，让孩子们来‘森林终点站’的人也是她。
来‘森林终点站’的目的，是为了解救被封印在这里的‘究极天使兽’。
‘神圣天女兽’想要被选召的孩子们，解救‘究极天使兽’，然后对抗‘基路比兽’，拯救数码世界！
而这一切都跟数码世界的历史有关，属于数码世界的历史遗留问题，是不可调解的种族矛盾。
简单来说，数码世界有‘人形’和‘兽型’两种，两者互相看不上。
数码世界有三个王，一起统治数码世界的秩序，这三个王就是‘神圣天女兽’、‘究极天使兽’和‘基路比兽’。
其中，神圣天女兽和究极天使兽都是人形，只有基路比兽一个是兽型。
某一天，发生了矛盾，三王之间爆发了席卷整个数码世界的战争。
究极天使兽被基路比兽偷袭，受到重创，被封印沉睡。
神圣天女兽消失不见，根本无法对抗基路比兽
神圣天女兽和究极天使兽接连落败，人型数码兽的地位遭到了重创。
基路比兽率领着兽型数码兽们，势如破竹，打算独霸天下，统治数码世界。
就在这个节骨眼上，打不过基路比兽的神圣天女兽有了小心思，打算找外援，于是诱导被选召的孩子们，来到数码世界。
打算利用斗士精神和人类孩子之间结合的力量，来对抗基路比兽。
斗士精神，是数码世界上古时期，击败了暴君的古代十斗士，十位英雄牺牲后，遗留下来的力量结晶。
三王在上古十斗士面前，就是小老弟，甚至，三王那统治数码世界的身份和权利，都是上古十斗士消逝前赐予他们的。
神圣天女兽想要利用斗士精神的力量，但斗士精神一共有十个，准确来说是十种二十个。
神圣天女兽手上只有五个斗士精神，剩下五个斗士精神都在基路比兽手上。
本田带领的孩子们在‘森林终点站’和五名拥有斗士精神的真正的被选召的孩子们汇合，成功解救了被封印的究极天使兽。
但很快就遭到了，基路比兽麾下的四名十斗士率领的大军攻打。
本田一行人根本不是对手，只能逃跑，在这过程中伤势未愈的究极天使兽牺牲。
为了不让敌人夺走究极天使兽的力量，本田还亲手杀死了究极天使兽。
最后，为了掩护众人逃跑，本田留下来断后，在扛不住时，选择回归了主世界…