鼠疫大爆发与旱灾、蝗灾以及战乱的接踵而至，大明王朝彻底崩塌，女真入主北京。令人惊奇的是，席卷肆虐全国的干旱和鼠疫突然就消散得无影无踪。华北各地风调雨顺，社会经济开始复苏。
明末大鼠疫间接造成了北京的沦陷与大明王朝的灭亡，让女真入主中原。1910年冬天，一场百年不遇的大鼠疫袭击东北。第2年满清灭亡。
天道轮回，苍天饶过谁。
明末大鼠疫深刻地改变了社会秩序、人口结构、政治格局和人文环境。灾荒、疫情、战争，相互影响，相互作用，使得神州大地生灵涂炭，山河破碎。
明清易代之际，因非正常死亡，中国的人口减少了约四五千万。
明末大鼠疫一人感染，全家都会传染，甚至有的全家死绝。亲戚更是不敢上门慰问吊唁，因为只要一进病家门口，必会感染。
等到他回去，又把病毒带回自己家中，疫情死亡率极高，以至于北京九门“日出万棺”。疫情最恐怖最可怕之处，死亡在一瞬间发生，甚至来不及诊断和治疗。
鼠疫是野生啮齿类动物间的一种自然疫源性烈性传染病，如鼠类、旱獭等。人类鼠疫的病例多由跳蚤叮咬或直接接触染疫动物而感染。
鼠疫传染性强，鼠疫患者通过飞沫传播形成人传人。如果不治疗，病死率高达30%至60%。14世纪欧洲鼠疫也称黑死病，造成约5000万人死亡。
人类对鼠疫普遍没有天然免疫力，但病后可获持久免疫力。
治疗鼠疫无特效药，最有效的是链霉素。用黄连、苦参、连翘、大黄、生地、知母六种抗菌中药熬制至一定浓度，对鼠疫有很好的抑制作用。
张锡纯以白虎加人参汤，其中又以山药代粳米,再加玄参，治疗鼠疫症状。
岭南伤寒“四大金刚”中的黎庇留、谭星缘、易巨荪3人合议以升麻鳖甲汤承证加减治疗鼠疫，效果达60至80%。
黄连素对鼠疫菌有抑制作用，黄连素抗菌范围很广，可以治疗胃肠道疾病，是治疗水土不服、痢疾、腹泻的首选良药。
黄连素是从中药黄连中分离的一种季铵生物碱。将黄连原料粉碎,加入硫酸溶液进行乳化,将提取的滤液用石灰乳、浓盐酸、氯化钠调节，即可提取黄连素。
吴有性发明的刺血法以及现代总结的保持清洁卫生、戴口罩、隔离、灭鼠、病死尸体焚烧等办法都能够有效抑制鼠疫。
明末时候的瘟疫除了鼠疫，天花疫情也非常严重。
明末鼠疫和天花大流行时期，相对于鼠疫，女真更害怕天花。女真每次作战，都要避开天花肆虐的夏天，每次作战还必须选择天花遴选过的将领，天花疫情决定着女真的排兵布阵和对外政策，比皇太极的命令还管用。
明朝时期发明了痘衣法、旱苗法、水苗法等治疗天花，但风险大，极易引起更大规模传染。
现代的牛痘接种法可完全防治天花病毒。
牛痘病毒是由牛的天花病毒引起牛产生轻微牛痘病灶的病毒。人若感染该病毒，只会产生轻微不适，并产生抗牛痘病毒的抵抗力。人接种牛痘疫苗后，可以获得抗天花病毒的免疫力。
来青轩会议室。
朱由校端坐首位，徐光启、李之藻、程冲斗、石敬岩、王昇、曾鲸、金谷生、王宏卿、张玉珂、闵齐汲、凌蒙初、凌义渠、王徵、孙元化、焦勖、宋应升、宋应星、吕天成、徐上瀛、徐霞客、茅元仪、王富贵、曹化淳、刘若愚人位列左右。
王承恩、王春夏、王秋冬、王冰清、王冰玉、王国兴负责端茶倒水，提供会务服务。
“诸位老师，今日召集大家在此，首先申明一下，以后不要再叫本宫神医，那个治疗雀蒙眼的方子是本宫偶然在一本古书里面发现的，没想到还真管用。还真应了那句话，书中自有黄金屋，书中自有颜如玉，多读书真没有错。”
朱由校看着众人继续说道：“现在给咱们干活的老百姓越来越多，这么多的老百姓聚集在一起，没有专职的医疗保障队伍可不行。本宫准备筹建一支专业的医疗队伍，为咱们的民工大军进行医疗保障的同时，系统研究总结咱中华的医学。成立医学研究部，培养更多的医疗人才。”
“今天召集大家到此，就是希望集思广益，让大家推荐大明的医学人才，并想办法将他们邀请到来青轩来工作。”
“殿下，下官认为此举是利国利民的大好事，下官必定全力配合。”徐光启率先站出来支持道。
“下官附议。”李之藻立即表态。
随着徐光启、李之藻的带动，众人纷纷表态配合支持。
“大家都知道，本宫是个急性子，想到什么就要立即干。既然大家都没有异议，咱们尽快商量一个名单出来，立即派人前往邀请，尽快筹建医学研究部。”
“医者仁心，事关生死。这些人不仅要医术高明，更要人品好。大家有合适的人选都推荐出来。”朱由校引导着会议主题。
“殿下，下官心里有几个人选，不知合不合适。”徐光启看了看朱由校说道。
“但讲无妨，咱们集体讨论。”
“武之望字叔卿，出生于嘉靖31年（1552年），西安府临潼人，万历17年进士。曾任霍邱知县、江都知府、吏部文选司主事。为人刚正不阿，因得罪同僚，无端被降职，遂愤而辞官返乡开馆讲学。”
“初因子孙患病求医无门，自行尝试治疗，进而为他人治病，擅长儿科与妇科。编着有《济阴纲目》《济阳纲目》两本医书，在西安府很有名气。”
“武之望不错，进士出身，文化水平高，又开馆讲过学。不仅懂医术好，还懂管理，适合担任医学研究部的负责人。必须将武老师邀请到香山来。”朱由校点评道，有一点朱由校没有说，天启年间，武之望被起用担任少司马、三边总督。他编制的两本医书资料丰富，分类详明，选方实用，对后世都有一定影响。
有了徐光启的开头，众人纷纷开始推荐。
“殿下，我想到一人。陈实功字毓仁，出生于嘉靖34年（1555年），南直隶南通人，擅长外科。有丰富的实践经验和理论知识，编着的《外科正宗》分析详尽，论治精辟，治法得当，并附若干医案，令人信服。”李之藻说道。
“陈实功不仅医术高明，而且医德高尚，作风正派，对病人，无论穷富贵贱都能一视同仁，对同道之士谨慎谦和，对上进青年能提携爱戴。他不仅为穷人看病不收分文，而且还捐资赠物，修建山路，造福一方。”
“陈实功可以。”朱由校点评道。
“殿下，我推荐一个。张景岳名介宾，字惠卿，出生于嘉靖42年（1563年），浙江绍兴府人。人称他为医术中杰士，仲景以后，千古一人。着有《类经》《类经图翼》《类经附翼》《景岳全书》等医书。”王徵说道。
“张景岳厉害，本宫也听说过。”朱由校点评道，这个张景岳可是中医温补学派的创始者，他编着的中医学经典着作，为中华医学的发展作出了巨大贡献。
“陈司成字九韶，出生于嘉靖42年（1563年），浙江海宁盐官人。祖上八代行医，自幼爱好医道。年轻时曾治愈友人性病，因家境败落，弃仕学医，探索出一套治疗梅毒的方法。”
“陈司成可以。”朱由校点评道。这个陈司成不仅是治疗梅毒的权威专家，还有独门的长寿秘诀，活了110多岁。他编着的《霉疮秘录》，是中国最早的性病治疗专着，首创使用砷剂治疗梅毒的方法，为医学发展做出杰出贡献。
“庞鹿门出生于隆庆5年（1571年），幼从师李时珍，参与编写《本草纲目》。凡虫鱼鸟兽草木，考核详究。得濒湖之学，精于理脉。”徐霞客推荐道。
“姚应凤出生于1571年，浙江杭州人，擅长外科，尤其以治疗毒疮闻名。他治病方法奇特，一般的医书上都没有类似的记载。相传姚应凤十三岁那年上齐云山奇遇仙道，尽得真传，医术突飞猛进。”