畜牧养殖在顺利起步后，很快就遭遇了重重困难。尽管鸡和兔的养殖已经初见成效，但随着养殖规模的扩大，一系列新的问题如同隐藏在暗处的礁石，逐渐浮出水面。
饲料短缺成为了最为紧迫的问题。随着鸡和兔数量的增多，原本勉强够用的饲料供应变得捉襟见肘。小苏皱着眉头，看着养殖场里的动物，对李阳说：“我们现在的饲料来源主要是基地里的一些剩余粮食和在废墟中采集的野菜谷物，但这些已经远远不够了。”
李阳深知问题的严重性，他组织了更多的人员到基地周边去寻找可作为饲料的资源。搜寻队每天早出晚归，然而收获却越来越少。周边地区能找到的野菜和谷物几乎被搜刮一空，而那些废弃建筑里储存的粮食也所剩无几。
“我们不能只依赖这些传统的饲料来源。” 李阳思考着说，“有没有可能开发一些新的饲料资源呢？”
小苏点头道：“有一种办法是利用一些植物的根茎叶，经过加工处理后也能成为饲料。还有就是我们可以尝试培养一些藻类，藻类富含营养，繁殖速度快，是很有潜力的饲料来源。”
于是，一部分人开始学习如何识别和采集适合做饲料的植物根茎叶，另一部分人则在基地里寻找合适的容器和水源来培养藻类。但这些都不是一蹴而就的事情，在新的饲料资源还未稳定供应之前，养殖场面临着食物不足的危机，鸡和兔开始变得消瘦，产蛋量也有所下降。
疾病防治也是一个棘手的难题。尽管小苏已经尽了最大的努力来维持养殖场的卫生和动物的健康，但在末世的环境下，病菌似乎更加肆虐。
一天，几只鸡突然毫无征兆地死去。小苏急忙对死去的鸡进行解剖检查，发现它们感染了一种从未见过的病菌。这种病菌传播速度极快，在鸡群中迅速蔓延开来。
小苏一边紧张地研究应对方法，一边对李阳说：“这种病菌可能是由于末世环境的变异产生的，我们现有的药品和防疫手段可能无法有效应对。”
基地里没有足够的兽药储备，小苏只能尝试用一些传统的草药和自制的药剂来治疗患病的鸡。他在基地的药园里寻找各种可能有抗菌作用的草药，熬制成药汤，给患病的鸡灌服。同时，他对整个养殖场进行了全面的消毒，将患病的鸡隔离起来，防止病菌进一步传播。
兔子那边也出现了问题。一些兔子出现了脱毛和食欲不振的现象。小苏检查后发现是一种寄生虫在作祟。他没有专门针对这种寄生虫的药物，只能通过改善养殖环境，增加兔子的运动量，以及用一些刺激性较小的草药进行驱虫尝试。
在这个过程中，养殖场地的空间局限性也开始显现。随着鸡和兔数量的不断增加，原本搭建的养殖棚和围栏显得拥挤不堪。动物们在狭小的空间里，不仅容易引发疾病，还会影响它们的生长和繁殖。
李阳看着拥挤的养殖场，知道必须要扩大规模了。但是扩大规模需要更多的建筑材料，而基地里能够用于建设养殖场的材料已经不多了。
他们只能再次组织人员到更远的废墟去寻找合适的木材、金属和塑料等材料。这一过程充满了危险，废墟中丧尸横行，建筑随时可能坍塌。
尽管面临着饲料短缺、疾病防治和场地空间等诸多困难，基地里的人们并没有放弃畜牧养殖计划。每一次的挫折都让他们更加坚定了克服困难的决心。
小苏日夜钻研，不断尝试新的饲料配方和疾病防治方法。搜寻队的成员们不顾危险，在废墟中寻找着珍贵的资源。李阳也积极协调各方力量，为养殖场提供支持。
慢慢地，在大家的共同努力下，新的饲料资源开始逐渐稳定供应，鸡和兔的疾病得到了一定程度的控制，养殖场的扩建材料也有了一定的储备。虽然养殖初期困难重重，但这些困难也成为了他们在畜牧养殖道路上继续前进的宝贵经验，让他们对未来的发展充满了谨慎而又坚定的信心。