在日军即将攻城之前，以拉贝，魏特琳等人发起建立的安全区，虽然从一开始就没得到日方的正式答复，也就是说日方并没有明确表示接受有安全区这么个东西，但是当南京沦陷之后，这些安全区还是成了生活在南京，逃难到南京的百姓以及溃兵的避难之所.
乔峰把圣玛丽教堂设定为了类似安全区的地方.
这里是人们以为的避难所，所以会有老弱妇孺避难于此.
但事实上，所谓的安全区并不安全.
曰军攻陷南京中华门后，在中华门外，轮奸少女后.又迫使过路僧侣续与行奸，僧拒不从，竟被处宫刑而死。
南京妇女无不人人自危，纷纷避难于外侨所组织的国际委员会所划定的安全区.
但曰军不顾国际正义，竟亦逞其兽欲，每乘黑夜，越墙而入，不择老幼，摸索强奸.
在电影里，圣玛丽教堂里的老幼妇孺自然是无法避免的.
所以，拦阻曰军逞兽性的安妮会给推倒，会挨耳光.
所以，会有学生，妇孺被曰军侵害，或死或疯.
乔峰想要告诉观众的是圣玛丽教堂不是安全的避风港，它只是一个暂时可以为人们遮挡一下风雨的草棚，摇摇欲坠不知什么时候就会倾覆.
原版金陵十三钗里，对这点展现的很不够.
在里边，秦淮姑娘可以嬉笑打闹，还喝红酒，还弄个外国人来玩暧昧，调情，最后还献身一把.
那很不好，很不严肃.
在那样的环境，那么危机，随时可能被侵害，死掉的情况下，没人会有那种心情.
就算她们真的不是很清楚外边发生了什么，但满大街都是死人，她们都从秦淮河上逃出来了，那大体应该是有所感受的.
怎么可能还那么轻松.
虽然，金陵十三钗是一部商业片，但既然你拍的是历史，那么起码要尊重一下历史.
所以，乔峰直接抹掉了原版金陵十三钗里那个美国收尸人，假神父.
这里边不需要情爱.
还有也是金陵十三钗里最被人诟病的一点就是最后所有的秦淮姑娘替代了学生去为曰军献唱.
不是说秦淮姑娘替学生们去不对.
而是说出发点无法让人接受.
原版里边是说因为她们反正是混秦淮河的，做的就是迎来送往的营生，反正就那么回事，给谁不是给.
还有什么“没福气做女学生，装装样子，过过瘾”之类的.
当然，没福气做学生装装样子之类的话肯定不是发自内心的，只不过是电影里用来说服自己的一个理由.
但是和真实历史上差不多的，就是秦淮姑娘替学生去献唱真的就是因为她们的出身，她们是窑姐.
只不过电影里她们是自己决定去的，历史上是被无可奈何的魏特琳还有其他良家逼着去的，她们只是认命了.
事实上，在那个年代，换了其他人处在魏特琳她们的那个位置，恐怕也会是做出这样的决定.
但电影毕竟是拍给现在的观众看的.
不处在那个年代，那种绝望的境况下，没人能真的设身处地的认可魏特琳她们的绝望的，无可奈何下的决定.
观众只会觉得凭什么，凭什么窑姐就要替学生，难道就因为她们是卖的，她们不是处的，她们不干净，而学生是处的，是干净的吗?
窑姐难道就没有人权了吗?
是的，那时候的窑姐就是没有人权的.
她们沦落风尘并不是自己心甘情愿的，而是被卖到窑子里边的.
一件货物哪有人权.
其他的人都在敌视她们，蔑视，打心底瞧不起她们，哪里在意她们的看法.
在不得不牺牲的情况下，不牺牲她们牺牲谁.
甚至，很多人会认为她们那不叫牺牲，那就是她们的命运.
但现在的观众肯定是没办法接受这样的观念的.
就像斯皮尔伯格在听了乔峰讲的关于魏特琳日记里边，她们鼓励，甚至是逼着那些藏在安全区里的妓女，把她们送给曰本人的时候厌恶的说那是在犯罪一样.
不管出于什么理由，让人替别人去遭罪，去死在我们看来那都是不对的，那就是在犯罪.
即使在电影里表现出来的是秦淮姑娘自愿替学生去，那也不对.
就因为出身不好，是妓女，所以要替别人死，而且还心甘情愿的去死，这表达的观点就不对，三观就不正的.
强行以身份的不同，以一种妓女就是一种原罪，只有他们牺牲了才能洗白自己，才能赎罪来升华主题，观众看了就会觉得膈应，就算说不出来为什么，可是心中就是有一种想法，这个理由站不住脚.
所以，乔峰改了，安排了圣玛丽教堂里还有一些别的妇孺难民.
一来是要营造那种城破后满目疮痍，流民遍地的悲怆感.
不能说像原版一样，一开始竟然像一个能喝酒，嬉笑打闹的世外之地.
二来就是为后来替学生去献唱打的伏笔.
十三位女学生被曰军军官要求去献唱，秦淮姑娘里的老大玉墨提议她们代替学生去.
可是除了小跟班红菱外，别的姑娘并不愿意.
“好，有种你们就在这里藏到底，占人家地盘，吃人家口粮，看着日本人把那些小丫头拖走去祸害！你们藏着是要留给谁呀？留着有人疼有人爱吗？”
玉墨像个泼妇，一句话出口，好几头挨骂，但又不能确定她究竟骂谁。“藏着吧，藏到转世投胎，投个好胎，也做女学生，让命贱的来给你们狗日的垫背！”
一顿劈头盖脸的骂，有的被骂的认命了，但有的依然不愿意.
这才是人之常情.
毕竟事关生死，一番话就能说的大家都认命，所有姑娘都同意去狼窝，那真的太假了.
有句话说的好，人不为己天诛地灭，让所有人都心甘情愿违背别人付出生命，你就是人民币也做不到啊.
更何况只是一个窑姐里的大姐大.
十三位学生，本身秦淮姑娘的人数就不够，还有人死活就不愿意的，人数不够怎么办?
这时候几十个妇孺里边有人站了出来.
因为在玉墨骂了其他姑娘之后，有的改变了主意同意替学生去的姑娘是这么说自己改变的原因的，我们好歹活了二十大几了，她们才十来岁，于心不忍这么小的孩子就要面对那些惨事.
我替她们，让她们替我们好好的活着.
这样的话触动了大家，妇孺中有很多人都表示为了孩子愿意替孩子们去.
看，这么一来主题就和原来大不一样了.
同样都是替孩子们去遭受凌辱，去死，现在有秦淮姑娘，有普通女人.
姑娘们一开始拒绝，那是因为她们有基本的人格尊严.
后来有人又同意了，还触动了妇孺中的不少人站出来，那是因为大人保护小孩这是一种任何时候都有的普世价值观.
因为这个理由大家牺牲，观众不会觉得无法接受，特别是里边还有普通女人，观众也就不会下意识的认为是因为身份的不同，因为是妓女的身份所以电影才会让这些人去牺牲的.
剧本进行了大幅度的改动，原版金陵十三钗里不合理的让人诟病的地方都进行了改动补充.
乔峰和斯皮尔伯格就拍摄取景等问题进行了细致的沟通，然后斯皮尔伯格回去准备建组，乔峰则负责选演员以及和内地部门进行沟通.