虽然不清楚这些年里，宇智波逸究竟去做了什么，但他看出来也明白了，从失踪至今，宇智波逸已然变得更加强大。
雷神担忧地重返阿斯加德，离开前再三叮嘱复仇者联盟的其他几位同伴：若抓到洛基，看在他的份上不要取其性命，将洛基交由阿斯加德处置。
当然，说到这话时，索尔小心地瞥了宇智波逸一眼，他对其他人很放心，只除了对宇智波逸稍显忧虑。
接下来，神盾局接管了纽约大厦的重建工作，并且处理了诸多灾难善后事务。这样的毁坏需要时间修复。
原想为宇智波逸安顿些什么，却被宇智波逸婉拒，只取走了一部特殊的通讯手机用于联络。
史蒂夫渴望和宇智波逸培养一段深厚的父子情谊，可惜救灾之事繁重，多地急需救援，譬如倾覆的建筑与塌陷的地铁隧道，队长史蒂夫义无反顾地奔赴救援现场。
他也与宇智波逸提及此，宇智波逸答应前往，但实际上并未放在心上。
初开始给他冠以美国队长养父的身份，这让宇智波逸有些玩味，然而眼下面对史蒂夫，总感觉有些别扭。
所谓\"父子情深\"，他并未考虑过，更不要谈主动接近史蒂夫。
很快，宇智波逸离去了。他打算找个地方消化手中空间宝石的力量。
宇智波逸预备在附近找个住所，刚踏入小巷的刹那，他察觉到了异样。
\"竟敢在此地向我伏击，看来你们的胆子真不小！\"
本该空无一人的狭窄小巷，此刻多了几股不该有的气息。
这气息来得突兀，但宇智波逸早已识破了来者的身份——因为那几位穿的是神盾局的特战服，但他们的目的并非良善，只能说明表面上是神盾局的人，实际隶属于九头蛇！
宇智波逸料对了！他的身份经过系统的详细安插，资料已被列入神盾局的最高机密档案，唯有九级特工才有权限查看。然而对此时的神盾局而言，已沦为九头蛇的大本营。
宇智波逸的现世引来了几位九头蛇大佬的警觉，他们再也按捺不住，因为宇智波逸的身世对神盾局来说...至关重要。 创始人之姿虽已隔数十载，却如今显露威势，对于九头蛇而言，岂是乐事？
在系统的设定中，宇智波逸是九头蛇的头号敌人。当初销声匿迹，也是因与九头蛇千丝万缕的瓜葛。况且，那在宇智波逸手握的空间宝石，就足以挑起九头蛇的觊觎之心。于是，九头蛇的巨头们策划一场对宇智波逸的袭击。
即便宇智波逸展现的力量震慑人心，九头蛇并不畏惧，他们拥有同样的秘密力量，仅仅为掩盖而不现于世。听闻他的宣言，九头蛇的面纱逐渐撕裂，潜藏者悉数浮现。
“没想到我们藏得再深也瞒不过你！”一位胡须微卷的男子阴沉地说。
“你们的遮蔽过于粗浅，以为躲在僻巷就能躲避我的洞察吗？在我眼中，一切伪装皆为空幻，因你们的气息，你们对我的杀意，根本无法掩藏。”宇智波逸唇角勾起淡漠的弧度，微微摇头，他对九头蛇的目的了然于胸。
宇宙魔方和空间宝石是秘密研究的对象，却被洛基打乱了步骤。九头蛇得知宇智波逸从洛基的权杖中获取奇特宝石，必定心中蠢蠢欲动，毕竟神盾局对这些研究早已深入。
空间宝石长期被尼克·弗瑞严格掌控，就算九头蛇已掌控神盾局的势力，也无法在弗瑞眼皮底下抢夺空间宝石，否则只会暴露于他。然而，如今冒出一块类似空间宝石的奇异晶石，落于宇智波逸之手，于九头蛇而言反是机会，从他手中夺取便可不暴露自身。
宇智波逸未曾料到，九头蛇竟敢对他动心思，即便见识过他的实力，仍在此布下陷阱。“我看你们是真的视死如归！”他嘲讽地说。
九头蛇首领先嗤笑道：“呵呵，自寻死路的不只你一个。我们九头蛇向来信奉，砍掉一颗头颅，便会滋生两颗。你的能耐再强，又能斩杀我们多久？”
九头蛇倚仗各种高科手段，预防于未然，并拥有异能战队。尽管宇智波逸能力非凡，他们并不认为他会是他们四人的对手。就算刚他与钢铁爪交手时展现出强大的实力，也仅仅是让他们微微色变。
“乖乖交出那枚宝石，我们便饶你一命！”首领的这话只为安抚宇智波逸的心境。暴露的他们不可能放他安然离开，他们需得到心灵宝石，也将宇智波逸永远留在这里。九头蛇的秘密，不容许泄露。
“我还想知道是谁赋予了你们的胆识？”面对如此嚣张的猎手，宇智波逸许久未遇。在面对生死的威胁之下，依旧神色如常。
“想拿我手中的宝石，先看你们是否匹配其力！”说完，宇智波逸毫不犹豫地出招。他猛挥一拳，击中男子的脸庞，毫不保留其全部力道。
连钢铁爪都无法承受的一拳，九头蛇又有何能力抵挡？可变故骤生，首领在挥拳瞬间，头颅竟变为坚硬的石头。一见其转变，宇智波波逸即明其底牌，原来是一名变种人。
不仅如此，其余三人亦是。他们发动之时，身上的异能在空气中燃烧、电光涌动、冰凌乍现。然而，在宇智波逸眼中，一切不过是苍白无力。
至于眼前的石质男子，也同样无足轻重。心中念头一转，宇智波逸的拳头直接轰击在他的头上，一瞬便让石头头颅破裂，散成漫天碎片。
九头蛇首领的能力远不及刚才的钢铁爪，仅是变异所带来的些许特异功能。变成石头固若金汤，然而在宇智波逸眼里，地球之石再坚硬，对他而言亦不值一提。
“倒是有趣的新招术！”变身为石，确是抵抗的妙法，可惜，他们遭遇的是宇智波逸。即便面临磐石般坚硬的对手，他也无所畏惧。
其余的九头蛇惊骇失色，那三人虽各有神通，却不敌队长。他们知晓首领能任意部分化身所触之物，使他在攻击间来去自如。此刻，竟在宇智波逸面前折戟，一击之下灰飞烟灭。