因为南城的瘟疫不断恶化，所以众人没有过多耽误，在决定去南城后没多久就马上出发了。而朝廷这边，轩辕余特地嘱咐三皇子和丞相驻守，牵扯住南宫夜，以防他趁机作乱。
因为在古代，交通工具只有车马，所以他们用了五天才赶到了南城。
到了地方，众人发现这里的情况比想象的更糟糕。瘟疫已经蔓延出来，辐射到了周边的城市。百姓们因为恐慌四处逃亡，也将瘟疫带到了各个地方。
他们先是在南城旁边的一个城市落脚，商讨之后决定把连同南城在内的三座城市都封城。几座城市的知府也都赶了过来，毕竟皇帝都亲自来了，他们也不敢怠慢。
看到轩辕余，南城的知府宋仁瞬间老泪纵横，因为这场瘟疫，他几乎一夜白头。见到了皇帝，似乎看到了自己的家人，也看到了希望，一下子就嚎哭了起来。
轩辕余拍了拍宋仁的肩膀，表示安慰。来之前，沈煜城给大家在系统里面兑换了防护服，所以现在众人都穿着很现代的防护服。
如果宫夕在一定会很惊讶，但是这次行程十分凶险，她并没有来。只是将自己知道的一些现代医疗知识都告诉给了温止陌。比如戴口罩，用醋和酒精消毒等等。在宫夕看来，虽然这些知识在现代很普通，但是对于古代人来讲，已经很高级了。
可是还没等温止陌说出这些建议，就见沈煜城拿出了更高级的防护措施。对于众人的好奇，沈煜城只说是在边疆的时候碰巧买到的。在中原人看来蛮族确实有很多稀奇古怪的东西，便也没有再多问。
其实除了防护服，沈煜城还兑换了一些抗生素，作为对抗瘟疫的药。其实在现代对于瘟疫也没有什么特效药，现代主要是通过提前接种疫苗，来将瘟疫扼杀。不过幸好，轩辕余之前跟着张仲景学了一个中药的方子，专门应对瘟疫。而且一到南城，宫黛又抽了一位名医，就是华佗，准备让他现场指导。
远在京城，南宫夜见轩辕余果然去了瘟城，忍不住大笑出声。他这次去还将大将军沈煜城给带去了，这等于一下子自己就少了两个对手。这让南宫夜格外高兴，就等着轩辕余病危的消息传来，自己好直接登基。前段时间的洪水，和这次的瘟疫，都将成为轩辕王朝国运衰竭的象征。而南宫夜就可以借此机会，在众多大臣的推崇下登基。
因为沈煜城这次过去还特地带了亲兵，因此封城的事情十分顺利。士兵连夜关了城门，将三座城市的所有出入口都把守住了。
第二天一早，赶着出城的人便被拦在了城门里，本来大家对封城还很愤怒。结果被告知皇帝也在封城里面，还将半个太医院的太医都带来了。大家便瞬间熄了火气。
“这士兵说得对，与其背井离乡，还不如在自己家里待着，还能有太医给看诊。比外面不强！”有人高声说道，这是宫黛他们提前安排好的托，混在出城的队伍里，来引导大家接受封城。
“皇帝都在城里面，跟咱们一起封着，咱们还怕什么！”
众人一听，本来愤怒的情绪瞬间被安抚了下来。注意力全都转移到了皇帝身上。本来像他们这种平头百姓，见到皇帝根本不可能。现在皇帝居然和自己离得这么近，大家瞬间都被这件事情吸引了注意。
见众人平息了下来，提前在城门守着的地方官员，连忙高声说道：“城门左边就有一处医疗点，大家务必去检查一下，太医可以看出来咱们有没有患上瘟疫。若是得了瘟疫，大家也不要怕。太医带来了神药，你们跟着太医去治疗。凡是去登记检查的人，都能领到救济粮！”
宫黛等人分成了三队，分别在三个城。沈煜城带着温止陌在在一座城。太医院的高太医带着一位太医在另一座城。而轩辕余、宫黛还有一个太医在最严重的南城。本来沈煜城是想自己驻守南城的。但是轩辕余觉得自己身旁有神医老师在，还是他们在南城最合适。
他们三个城市，通过飞鸽传书传送消息。三个城市，策略一致，一开始都要进行全城的检查，把得了瘟疫的人都隔离起来，一起治疗。为了怕百姓隐瞒病情，他们还特地将救灾粮作为奖励。而这些救灾粮正是朝廷大臣们捐的。
果然，有了食物的吸引，百姓们纷纷都涌向城门，进行登记检查。得了瘟疫的人，会被直接带到隔离区，告诉他们需要特殊治疗才会好。患者知道京城来了太医，便都十分信任，都很配合地进了隔离区。即便进去就出不来了，大家也没有多排斥，毕竟这里吃的免费，比家里不知道好了多少。
进来的人都需要定期喝中药，严重的人会被分到抗生素。对于那些检查没有得病的，则是会被注射一针疫苗。就这样中西医结合治疗，瘟疫蔓延的速度一下子就降了下来。
不过现在仅仅是减少了传播，要根除瘟疫还需要时间。症状轻的人还好，吃几天中药便没有再恶化。但对于那些重症的人来说，中药似乎收效甚微。而且重症的人卧床不起，需要人照顾。三个城市人手一下子就紧张了起来。
最后还是宫黛提议，让轻症的人来帮忙照顾重症的人，作为奖励他们可以获得更多的食物，甚至是银两。本来轻症的人被关着无所事事，也愿意有事情做，现在又有酬劳，大家自然都十分积极。这才缓解了燃眉之急。
轩辕余和宫黛分工，每日带着华佗给病人看诊，改良药剂，然后再把改良后的方子，飞鸽传书到其他两个城市。
看着改良的方子，高太医和温止陌都十分震惊，作为医者的他们知道，这方子有多厉害，即便是他们也没办法短短几日就根据当地瘟疫的症状，写出这样的方子。俩人知道，这方子肯定不是那位太医院的同僚写的。
高太医颤抖着手，看着那方子，高声说道：“天佑我朝呀！皇帝乃明君呀！”似乎是将这方子当作了神降。