朱载坖一面和海瑞一起上疏嘉靖，请求清丈田亩，一面暗中调查苏州甚至南直隶的寺院。
海瑞只是上疏请求在苏州清丈田亩，朱载坖的上疏就激烈的多了，朱载坖请求设立专官，督理苏松常镇四府粮饷。
朱载坖的意思很简单，那就是设立督粮道，专司苏松等处的税粮、催征等事。督粮道，亦称管粮道，主要由各省布政司参政、参议担任。
由于大明南北二京不设布、按二司，故无参政、参议、副使、佥事等职，所设道官于旁近布、按分司带管。南直隶之道寄衔于山东者，太仓道，颍州道，徐州道； 寄衔浙江、江西、湖广者，苏松道，漕储道，常镇道，庐凤道，徽宁池太道，淮扬道。
朱载坖在奏疏中称：边供繁费， 加以土木祷祀之役，月无虚日，帑藏匮竭，司农百计生财，甚至变卖寺田，收赎军 罪，犹不能给。乃遣部使者括逋赋，百姓嗷嗷，海内骚动。
同时南直隶巡抚根本无暇顾及督理粮饷，自宣德五年开始，粮饷由应天（南直隶）巡抚总理。但随着巡抚职权范围的不断扩充，由起先的总督税粮巡抚地方，开始兼管农桑、水利、司 法、民政，且有考察地方官等权责，遇到战事时甚至要提督军务。
尤其是现在，倭寇未平，巡抚和总督的主要任务就是搞定倭寇，根本没有多余的心思在督粮上。
故而朱载坖在奏疏中建议：国家财赋仰给东南，而苏松常镇四府居半，但其土沃民浇，飞诡百出， 管粮同知权轻不能镇压，或持法稍严，则豪猾大姓辄相与排根去之，故奸弊滋长，国赋不登，请特重其事权，设整饬苏松常镇粮储山东右参政一员。
朱载坖的奏疏送抵京师后，嘉靖随即召集三位阁老商量此事。
徐阶首先表示不同意，他说道：“国家财力困窘，弊在设官太多。又如苏州地方兵备副使、管粮参政皆非额设，徒滋烦扰。当国家急财之际，请一切罢革，推之藩臬郡县。”
徐阶认为设立管粮参政并无必要，反而会增加大明的冗官。
嘉靖只是问道：“严阁老怎么看？”
严嵩说道：“陛下，或谓江南既有兵巡以兼钱粮之务，无庸更设专官。殊不知数郡邑之程牒浩繁，与巡按各院之倚办猬集，一江南足当他繁剧之省，而尽责之兵道，其能给乎？今之议者， 凡言裁一冗员，汰一冗费，则辄称善，而语及增置，必以为迂阔而伤财，非谋国之言也。”
严嵩的话，可是把徐阶给狠狠的损了一下，嘉靖接着问道：“吕阁老怎么看？”
吕本一向在内阁不怎么说话，除非嘉靖问及，吕本一向是不怎么发表意见的，但是现在嘉靖问及，吕本当然要回答此事，吕本说道：“陛下，臣以为国家财赋大半出于东南，苏、松、常、镇 四府在东南中尤为钱粮最多之处，顾各省皆有督粮参政、参议等官，而此四府独无， 所以往往拖欠不完，故而确有设立的必要。”
内阁中三位阁老中两人都赞成朱载坖的看法，徐阶也没有办法说变更。
嘉靖说道：“裕王举荐苏州同知海瑞为整饬苏松常镇粮储，诸位怎么看？”
海瑞最近确实是出尽了风头，徐阶已经收到不少关于他的书信了，不少苏松的士绅都写信给徐阶，请求徐阶帮忙将海瑞调走，这位实在是太难对付了。
但是徐阶很清楚，海瑞明显是朱载坖推出来的，自己如果和海瑞过不去，那就是直接和朱载坖过不去了，徐阶还没这么傻，但是就这么让海瑞坐上这个督粮参政的位置，徐阶又有些不甘心。
徐阶知道，海瑞最大的问题就是出身太低，晋升就太快，他不过举人出身，一跃而成为苏州通州，已经是非常之遇了，而现在又要将他提升为督粮参政，实在是有些说不过去。
徐阶说道：“督粮一职，职责重大，当遣老成之臣，臣以为翁大立可以担当此任。”
翁大立是绍兴府余姚县人，嘉靖十七年进士，从资历上来说，已经比海瑞不知道强到哪里去了。而且他当过南直隶巡按御史，对苏松也算熟悉，看起来确实比海瑞要适合多了，让一个举人出身的官员，担当这等重任，百官肯定有很多不满的意见。
不过嘉靖将海瑞的奏疏拿出来，对诸位大臣说道：“海瑞上疏，奏请在苏州清丈田亩，朕看清丈苏州不如将苏松常镇一体清丈，朕看就让这个海瑞担任督粮参政，清丈四府田亩，徐阁老不会是不愿意清丈松江府的田亩吧？”
嘉靖都这么说了，徐阶哪敢再质疑，赶紧说道：“臣唯陛下命！”
于是君臣就这么愉快的决定了。
这段时间朱载坖也没有闲着，他命陆绎调查苏松常镇寺院的情况。得到了结果是触目惊心的，除了寺院占有大量的田产之外，和朝廷争夺人丁，也是极为严峻的事实。
苏、松地区作为江南繁华之地，赋役偏重，丁多地少，矛盾尖锐，百姓受诱于僧道具有免赋役特权，私自剃度遁入佛门，逃避赋役。一人住持，为之服侍者数十人；一人出家，十几人作为其帮闲，可见寺院闲散劳动力之多。而这些人并没有朝廷的度牒，却也不向朝廷纳税。
民众犯事为逃避制裁，剃度为僧， 潜藏寺院，寺院一时间成为包庇犯罪分子的场所。而这些奸盗之人无心学佛，以 僧人身份作为掩护，继续做着违法乱纪的勾当，严重损害佛门声誉。
甚至还有与倭寇勾结，甚至暗中宣传白莲教的，这些事情在东南已经不是什么新鲜事了。
寺院的财力庞大，民众崇佛日盛，布施僧尼、捐资造寺，甚至舍田以为寺基。而大量的百姓受到引诱，私自剃度，未有牒谱者无有供养，只能成为游僧到处乞食，他们时而聚众滋生事端，成为威胁社会安稳的定时炸弹；寺院兼并土地，民众无以为耕，与寺院发生夺田问题。而寺院占据大量土地却在各种势力庇护下，免役免科，把这些负担转嫁民众，这些事情都是已经摆在面前的了。