作为一个和希腊文化截然不同的地区，亚历山大的统治政策需要精心设计，而不是套用以往的方法。孔雀王国的一系列政治制度主要是考底利耶在摩揭陀国基础上加上自己的一些创新方法设计的，他所建立的比较重要的部门有:会计、财政、矿业、兵工厂、关税和税收、农业、贸易、航运、消费税和畜牧。
国家被认为是它的执行机构（各行政部门）的各种活动的总和体，这些部门涉及人民生活的每一方面，各农村按照赋税行政加以组合。但为防御的目的，它们围绕设防的中心农村另行组合，村与村间的交通是经过缜密组织的。
这个帝国的组织与安全依赖大道，孔雀王朝的官吏们特别注意到这方面。作为“大干线”先驱的“王家大道”是世界奇迹之一，大道的第一段是从帝国的边疆到犍陀罗的塔克西拉。从塔克西拉在越过旁遮普的五河流以后到达朱木拿河（即恒河支流亚穆纳河），又经过曲女城到普拉雅加城（即后世的阿拉哈巴德Allahabad），这个城在当时和以后都是战略上和政治上最重要的城市。
大道从普拉雅加城通到华氏城，最后到恒河口。这条中央大道归帝国部门管理，负责保养这条大道，维持必要数量的渡口幷建立里程碑。在路旁植树一向被认为是巨大的宗敎功德，利论提到各种不同的道路以及国家和人民在维护方面的责任。
海军部专门经管海洋航行和河上交通。航运部是国家数大部门之一，这个部门的首长是部长，处理有关航运的一切事情，包括海上航行在内，他手下有若干事务官员如海港长等，他们的职责是照料遇难的船只。
孔雀王国财政制度的基础是土地税、开矿和各种矿产的收入，贸易税、盐的专卖收入“关税和消费税，农民付六分之一的利润作为税收，商人付四分之一的利润作为税收。赌场和酒店的营业执照给国家带来大批收入，盐的专卖也获得了很大收入。
孔雀王国是警察国家，国家的权力是建筑在暗探制度的基础上。其实吠陀时代就已经开始用暗探了，《梨俱吠陀》中有一段说：“派遣行动最敏捷的暗探们前去，永远不要使自己受欺瞒蒙蔽，收集远远近近专门做坏事的人的材料。”但事实上，对于国内的监察有余，对外则不足，所以才在亚历山大帝国的入侵中一直处于被动中，最终被塞琉古一支孤军打到了华氏城。而历史上塞琉古一世也曾于公元前305年率军打到过华氏城。
在罗摩衍那史诗中罗摩旃陀罗就是根据一个暗探的报吿说，公众谴责悉多行为不端，就决定把她打发走。事实上，印度的暗探向来被认为是国王的耳目。孔雀王朝以前的各王国也曾有过暗探但是将暗探制度组织起来作为保障国家安全的大事业之一，似乎是阇那伽才使它达到完善的制度。
“利论”列举了五种不同的暗探——给人以不严肃印象的游荡者、接受人民吐露阴私的占星家、看手相的人和其他人等、能接近一切阶级的刻苦修行者，还有与农业和贸易两种主要职业有关朕的人们。这五种人可以称为告密者，因为他们并不直接在政府部门服务。国家经常训练和雇用护士、厨师、妓女和乞妇，警察也有一批密探煽动分子、恶棍和毒害者听从指挥，阇那伽甚至写岀侦探们应当如何从事工作的种种说明。
“利论”一书中所描写的警察国家，是会使个人恐惧的。但它的界限是明显的，人民虽然受到监视和报密，他们的正常生活却没有遭受干涉。早期书中所规定的侦探制度的任务，就是使国王从在各阶级中自由活动的人们的直接报吿经常得知舆论；其次是保障安全。借着一种迅速联络的制度可以将最边远省分的发展通知中央。关于恶棍“毒害者和其他人物的规定明白地显示出来，孔雀王国毫无悔恨地采用不正当的手段来对付它的敌人。
这一由阇那伽使之完善的制度（或者可以说是他继承的，或至少可以说是他所描写的制度），经过世世代代都没有多少改变。印度诸王们自始至终在赋税制度、官僚政治和警察制度三个主要方面，遵照了孔雀王国的组织形式。
接下来，亚历山大参考印度的国情和原有的制度进行了一定的保留和改变。
行政上，亚历山大把印度分成了几块，西北部的阿拉霍西亚和帕拉帕米萨达由奥克夏特斯担任，西部的信德地区和格德罗西亚还是由培松担任总督，旁遮普总督为塔克西拉，欧德摩斯为中印度总督，驻地为跋沙故都桥赏弥，塞琉古为东印度总督，驻地为摩揭陀国故都华氏城。
宗教及文化制度上，亚历山大宣布废除种姓制度，但原则上不取缔任何宗教包括婆罗门教，不过种姓制度一旦废除，婆罗门教的生存土壤几乎都被剔除了。然后大肆建立小学、中学和大学，普及希腊化教育。种姓制度的废除意义深远，彻底解放了广大人民群众原本被禁锢的思想，也让很多人获得了人身自由，极大地提高了人们的生产力和生产效率。
经济上，解除了各个城市地域之间的贸易壁垒，取缔了各项苛捐杂税如进城税等，统一了全印度的经济政策和税收制度，极大地激发了商人们的激情，促进了各地的手工业和商品经济甚至是农业的发展。
军事上，实行义务兵役制，凡是年满18周岁没有上学的男子必须加入军队，进行为期不少于三年的军事训练或征战，届满后退役，优秀者可继续在军队中服役。培松为西路军总指挥进攻印度半岛西部沿海地区，欧德摩斯以桥赏弥城为据点，为中路军总指挥，负责向中部德干高原方向进攻，塞琉古以华氏城为据点，为东路军总指挥，筹划进攻孔雀王国还未攻占的羯陵伽，而后向恒河下游地区进行征服。
亚历山大将自己之前实行的那套制度大部分都开展实施了起来，除了学校之后，在各地建立了大量医院、图书馆、剧院、澡堂、文化宫以及完整的公共卫生系统，既清洁了街道，又减少了疫病的发生和传播，极大地改善了人们的生活环境，丰富了人们的精神世界。
此外，亚历山大计划将御道从苏萨经波斯波利斯、沿海的亚历山大里亚、帕塔拉、鲁帕尔等地，从而连通原本的“王家大道”，这样就极大地促进了东西方商品经济的交流。
大军于公元前311年底返回各自驻地，而亚历山大则在印度待到了公元前310年的中旬才返回巴比伦。亚历山大回到了阔别近两年的巴比伦，虽然国王近两年年不在首都，但在攸美尼斯的治理下，庞大的国家机器仍然有序地运行着。利西马科斯打败了摩罗西亚王国，把帝国的疆域扩大到了喀尔巴阡山脉以南毗邻卡山德所控制的达西亚部落，并和塞西亚人邻近。拜占庭已经建设成了一个中上规模的城市，扼住了黑海通往地中海的咽喉。