次日下午，靖南军终于将二十门从安庆乃头山带过来的红夷大炮架设到了幕府山上，正当靖南军火炮兵准备炮轰南京城时，天上却乌云密布，然后就下起了暴雨。
靖南军只得搭起了窝棚，停止了对南京城的炮击。
虽然不能炮击南京城，但是靖南军却可以挖掘地道，为了一举攻破南京坚城，李兴命人在神策门和太平门同时挖掘了五条地道，只不过天下大雨，加上土质坚硬，靖南军挖掘的进度很慢。
李兴又飞书马宝和李本深以及刘士元等人全力攻略南直隶各地，又遣曹聚奎舟师进取镇江。
就在靖南军兵临南都之时，越王郑成功的船队再一次进入了长江，并一举攻克崇明。
郑成功留马信率军镇守崇明后，即率舟师西进，由于靖南军兵临南都，江南人心鼎沸，这一次郑军的进兵速度更快，加上又适逢顺风，在李兴兵临南都之时，郑成功舟师已经过了苏松，直扑江阴、靖江一线。
随着郑成功水师进入长江，江南的百姓士绅终于爆发了，谁都知道凭借靖南军陆师无敌，又有郑成功精锐的水师船队，那南都光复就只是时间问题了。
马逢知降了，在郑成功舟师抵达江阴城下时，大清的江南提督就在苏州宣布易帜反正，并同时派兵袭取了无锡以及常州等地。
郑成功即以马逢知仍为江南提督，负责继续攻略江南各处，自己则继续以舟师西进，直扑镇江。
靖南军方面在雨停后的第三日即发动了对南京的攻城战。
幕府山的重炮纷纷掀去了炮衣，被推出了雨棚，二十余门红夷大炮同时开火，声势惊人，一枚枚二十余斤重的铁弹带着死亡的呼啸，砸向了南京那坚不可摧的城墙。
近万名池州、铜陵、太平等地投降的绿营兵被押到了城下，这一次李兴并没有用挖掘壕沟的战术推进，原因就是南都的城墙太高了也太宽了，就是将壕沟挖掘到城下，靖南军的火枪手也很难打中城头上的清军，相反自己爆破攻城的意图也会被清军发现。
降兵们被驱赶着向南京城墙冲去，他们很有自觉性，知道自己存在的价值就是作为炮灰攻城，但他们同时也清楚，只要自己能够活下来，那么他便不再是炮灰，而是摇身一变成为靖南军的一员。
这一点，不论明清，都是予以肯定的，也是这些降军为此卖命的唯一机会和好处。想当初，这些人几乎无一不曾被清军驱为炮灰攻城过，所以今天被靖南军驱赶着攻城，他们根本不敢抗拒。
近万多降兵就这么一窝蜂冲向南京城墙，有人扛着刚刚打造的云梯，有人推着制造简单的盾车，有人执着大盾顶在头上，还有人拿着刚刚从靖南军那领来的弓箭不住射向城头，以掩护己方的士卒登城。
在降兵出击的那刻，靖南军军阵中又推出了两百余门大大小小的火炮，随着炮兵们点燃一根根引线，大大小小的铁弹就如同冰雹一般砸向了南都城墙。
降兵们是冒着炮火在前进，负责主攻的军帅府直属和第四镇则在降兵们身后戒备，安巴的骑营更是一个个纵马持刀，只要这群降兵敢于回头，就会遭到无情的打击。
毫无退路的降兵只得硬着头皮冒着城头射下的炮子和箭雨冲突，现在拼死向前还有一分生机，若是敢于回头，那可就真的没有半点活路了。
城头上，趴在垛口后的管效忠发现靖南军竟然驱降兵攻城，而且城下这密密麻麻的绿营兵连号衣都没有更换，愤恨地将拳头重重地砸在那坚硬的墙垛上，心中仿佛随时都会有一团怒火喷发出来。
清军的炮手们一直在等待，迟迟没有得到开炮的命令。太平门上有六十几门火炮，负责开炮的炮手都是管效忠的督标精锐。
管效忠虽然愤怒靖南军驱清军降兵攻城，却对这些降兵一点也不手软，之所以迟迟没有下令开炮，却是因为那些降军还未进入火炮射程。终于，降军们进入了火炮射程，管效忠猛地拔出长刀，下令开炮。
听到号令的炮手立时将早就备好的，正在燃烧的火把拿到手中，对着露出药膛的火信引子烧去，只一瞬间就有无数的散子弹打向正在冲突的降兵，那密集的炮子在降兵的身前形成了一道死亡的弹幕，只两轮炮击，就有数百个降兵倒在了血泊之中。
城头上、城头下密集的炮子往来呼啸着，那震天动地的的爆炸声，更是让南京的百姓人人恐惧。
猛烈的炮火让降军们前进的脚步为之一滞，目睹前方的惨状，很多降军吓得两腿发抖，可是后方的靖南军骑兵却毫不犹豫的纵马上前，马上的满洲兵操着夹生的汉话挥刀砍下数十颗头颅，让发怔的降军们再也不敢迟疑，胆战心惊的继续朝前冲去。城上的炮火纵然可怕，但不冲的后果更可怕。
冒着枪林弹雨前进的降兵终于冲到了南京城下，然而令降兵们绝望的是他们的噩梦才刚刚开始，管效忠根本不会在乎降兵的生死，守城的清军在他的号令下扔下了无数的滚木擂石，直打的降兵们一个个抱头鼠窜，被石头砸中的更是脑浆迸裂，身死当场。
凭借着数丈高的南京城墙，守城的清军负隅顽抗，无数的箭矢和铳子如同雨点一般射向了正在搭挂云梯的清军降兵。
靖南军催兵的炮鼓惊天动地，在测试出了清军火炮的射程和位置后，靖南军的火炮不断地前移，同时重新校对了炮位，对着城头集火射击。
在火炮的掩护下，一架架云梯终于搭挂在了城墙上，一个个降兵顶着盾，提着刀就开始不停地攀爬。
城上清军疯狂的射杀那些从前的同伴，他们顺着云梯倒下了一锅又一锅滚烫的金汁，一个个降兵被烫的从云梯坠落，身后那些没了遮挡的士卒一个个被箭矢射中，城墙下很快就堆满了尸体。
管效忠拼命地挥刀指挥着清军攻击曾经的大清军，他知道这一轮进攻不过是贼寇的试探，城下那严阵以待，武装到牙齿的贼寇才是这次攻城的主力，所以那些准备好的猛火油、震天雷这些器械他是万万不敢轻易动用的，好在南京的城墙够高，够硬，能够挡住贼寇的重炮轰击。
这一刻管效忠居然想起了十四年前清军兵临南京的那刻，要是当时的明军能够坚守的话，大清军能攻的进来吗？