曾国藩到天津后，满清朝廷很积极的配合他，慈禧以皇帝名义给曾国藩下了一道圣旨，任命他为钦差大臣，全权处理天津教案。
曾国藩本来在满清的威望就极高，当地官员对他不敢不尊敬，另外聪明的满清官员没人想沾染这种麻烦事，因此一到天津，大家乐的听曾国藩做主。
曾国藩到天津后，听取各种人的说法，几千老百姓之所以突然起来围攻教堂，引发的原因是四五月间，天津发生了好几起儿童失踪案件。六月份，天津爆发了疫病，天津一些收养孤儿的洋人教堂育婴堂中也死了不少婴儿，教堂每天都去郊外埋人。
老百姓看到洋人不断的埋葬婴儿的尸体，很快一种由来已久的说法就流传开来，都说洋人的修女杀死小儿做药用。这时候恰好官府抓到了一个贩卖儿童的人贩子，而人贩子交代说他把孩子卖给了教堂。
一下子天津人就怒了，本来对教堂就没好印象，尤其是天主教，那些神父急切的想要传教，因此对教徒不加分辨，良莠不齐什么人都要。
同时天主教是一个从教皇到神父是一个严密的组织，从历史上，他们就比较偏激，打击过各种其他宗教不说，连新教他们都镇压过，向来有一种唯我独尊的傲慢，加上这个时代的洋人比较强势，在其他文明面前有一种傲慢，于是经常出现教堂神父利用治外法权来包庇他们的教徒。
可这些轻易抛弃传统的文化，投靠教堂的人中，大部分是一群痞子，惯常欺负人，加入教堂就是为了仗势欺人，结果大家将这些流氓无赖的恨，都转移到了教堂身上。
老百姓原先就对他们没好印象，现在更是相信他们在贩卖儿童、残害儿童，因此发生了包围教堂的事情。
到现在还只是群体性事件，还没有发生暴力冲突，事情还有解决的余地。如果此时清廷积极出面调查，还可以解释。可是清廷的官员早就习惯了推诿责任，那种士大夫的责任心，早就离他们远去了。所以一概的推诿。
洋人强势惯了，法国公使丰大业要求当地官府驱逐百姓，当地官府再三推诿，尤其是跟县令产生了争执后，丰大业竟然直接开枪，县令躲过去了，但是仆人被打死了。
洋人的蛮横，让清廷官府恼怒了，然后老百姓攻进了教堂，杀了神父、修女，打进了领事馆，杀了外交官，如果说其中没有官府的默认和推动，显然是不可能的。
到了此时，教案才真正失控。
曾国藩了解了事情的原委后，他认为，首要问题，是弄清楚洋人是不是真得拿小儿做药的事实。其实曾国藩何尝不明白这件事多么不靠谱，清廷的聪明官员们也明白这个道理，所以没人来，都看着曾国藩一步步卷进激流。
曾国藩请来当地的名望乡绅，大家一起进入教堂搜查，没有发现任何传言中的现象，相反他们看到那些被丢弃的孩子，在这里得到了最好的照顾，他们得到了食物，得到了医治，唯一让他们不太满意的是，教堂一直在教育这些孩子信仰上帝。
但是那些充满荒诞的传言，一件都没有，没有用人眼睛做药的事情。当然没有这些事情，曾国藩来之前就知道不可能有这些事情。但他还是要来探查，一方面是用自己和这些有名望的乡绅的眼睛，帮老百姓见证一番，在通过他们的口告诉大家真相。他相信老百姓，至少是那些读书人是能够明辨是非的。另一方面，曾国藩主要是想来探查一下诱拐儿童的事实，他不相信洋人用孩子做药，但是他怀疑洋人为了传教，真的把儿童诱拐到这里来进行教育。
事实都没有，洋人连诱拐的行为也没有，但是洋人确实有给人贩子钱的情况，他们如实不讳的告诉了曾国藩，还拿出他们的记录簿给曾国藩查看，他们告诉曾国藩说，因为经常有弃婴的现象，他们为了鼓励大家把被丢弃的孩子送到教堂中来养育，所以给热心民众一点奖励。正是这点奖励，反而助长了一些不法分子，他们不是捡拾弃婴，而是直接贩卖儿童。
曾国藩是一个至诚之人，这是内心的信仰，是他精神的支撑，他不会违背自己的精神，所以他认可了洋人的说法。
接着他向天津老百姓发出《谕天津士民》，先是赞扬“天津士民皆好义，各秉刚气”，然后才批评他们没有“迷拐之确证，挖眼之实据”便“徒凭纷纷谣言，即思一打泄忿”，教育天津人说“或好义而不明理，或有刚气而无远虑，皆足以偾事而致乱。”
其实就是劝告天津人不要无理闹事，给国家惹麻烦。
接着曾国藩拒绝法国提出的要求处死天津提督陈国瑞及天津府县官员张文藻、刘杰三人以抵命的要求，只以养病为名将张、刘二人放回原籍躲避风头，陈国瑞更是直接送往京城。
按理说，曾国藩选择以息事宁人的方式，其实很附和中庸之道，各大三十大板，高高举起轻轻放下，如果双方各让一步睁只眼闭只眼也就算了。尤其是官员，曾国藩认为，如果在跟洋人的交涉中，随意处死本国的官员，只会打击朝廷的威信，同时造成官员在跟洋人接触中畏首畏尾，不敢据理力争的情况，这种情况其实在上海等口岸已经很普遍了。因此曾国藩不肯杀官员。
可是清廷实在是太恐慌法国人发兵，尤其是内斗太严重，曾国藩名气虽然大，但往往这种名望越重的官员，遭遇的攻击就越大，因为攻击这种人，是那些以弹劾人出名的清流言官最便捷的出名渠道。
尤其是一群顽固派，向来毫无理智的想要尽灭夷人，他们声言，天津百姓是为了保护官员才打死洋人的，说明天津百姓畏惧官员而不畏惧夷人，正好利用民意把京城的洋人也全都灭了。于是他们根本不顾曾国藩的调查，在口说无凭的情况下，硬说天津老百姓在教堂里都搜出洋人挖的儿童眼睛了，曾国藩是意图包庇。
慈禧看到顽固派的态度，也给曾国藩来信询问，曾国藩明报说没有发现。慈禧于是急着结案，生怕因顽固派的原因，导致事件扩大。
但是此时法国人根本不答应，一个肇事的人员都不惩治，别说法国人了，死了人的俄国、美国也不能答应。
见到洋人的态度坚决，慈禧等高层怕再次发生英法联军进北京的结局，急于解决危机，反而指责曾国藩有包庇犯官，想那几个官员的脑袋平息了洋人的怒火。
曾国藩无法，只能派人将张、刘二人找回，录下口供，押解刑部。最后，刑部判决将张、刘二人发遣黑龙江赎罪，刑部也不敢为了洋人杀本国的官员。
但是对于小民，曾国藩就不客气了，匆忙缉拿了20名凶手判决死刑，之所以是20人，因为洋人也死了20个人，曾国藩完全打算用以命抵命的方式，来解决这个问题，显然曾国藩熟读经典，却对于法理不通。而且他耍了一个手腕，抓的这20个人，其中大多数本就是牢中的死囚。
曾国藩的这种做法，非但不能让洋人满意。朝廷官员继续骂他，这次换成那帮子清流，他们以民族主义的情绪，责骂曾国藩不但惩治本国官员来谄媚洋人，还要杀本国民众，简直是汉奸国贼。
还别说，这种带着民族主义情绪的谩骂，在中国大有市场。一时间引起了巨大的冲击，全国老百姓，主要是读书人、乡绅等社会精英，他们突然对曾国藩产生了巨大的不满。之前他们对曾国藩有多么期待，现在他们对曾国藩就有多么仇视。他们过去多么崇敬曾国藩，现在就多么鄙夷曾国藩。
曾国藩作为湖南人，之前他是整个湖南的骄傲，因此在外地经商的湖南人多以甚为曾国藩的老乡而自豪，各地的湖南商会会馆，都请曾国藩题字，曾国藩之前为了筹集军费，也乐得给商人题字，那些字都做成匾额高高挂在各个会馆之上。
现在全国各地的湖南会馆，纷纷砸了曾国藩的牌匾。
读书人更为激愤，当天津老百姓在官员的支持下，砸了洋人的教堂，绝大多数读书人都拍手称赞，他们一直视洋教进入中国是祸乱孔孟名教，认为天津父老反抗洋教，是跟曾国藩当年带领湖湘子弟抗击长毛是一样崇高的功业，按照他们的心思，这种事还得树碑纪念呢。
结果曾国藩竟然说洋人没有挖小孩眼睛，没有诱拐儿童。
事实怎么样不重要，重要的是你曾国藩怎么能这么说，其实失去理智的书生们要的，并不是曾国藩所谓的事实，他们只想要一个他们认为正确的答案，他们只希望他们的偶像曾国藩是跟他们站在一起的。
但曾国藩的表态，显然让他们不满意，甚至难以接受。天下人都可以这么说，怎么你曾国藩也要这么说？
于是读书人也站出来骂曾国藩，外地也不过骂一骂汉奸民贼之类的，湖南读书人尤为感到气愤，他们之前以曾国藩为荣，此时却一个个集会宣布不承认跟曾国藩是老乡，宣布开除曾国藩的省籍，他们不再承认曾国藩是湖南人了。
曾国藩没想到他以诚示人，得到的确实所有人的诋毁，顽固派嫌他迁就洋人，清流暗讽他谄媚洋人，商人都以他的题字为耻，他故乡的读书人更是都不承认他是湖南人了。
一时间曾国藩感觉到天上地下，竟没有他容身的地方了，不由的苦闷之下，竟然病倒。
其实他不知道的是，正是之前他享有的名声太盛，盛名之下不容他有丁点的差错，之所以那么多人骂他，是因为那些人心中的一面旗帜，一个精神偶像突然坍塌了。
这股冲击是如此之大，甚至比两次鴉片战争的战败，更触动广大读书人的心，有些人变得更顽固，更仇视洋人，而有的人，却开始了转变心态，开始重新考量这个世界，这些在世界大变局之前开始变通的人，其实才是真正的民族精英，之后的几十年间，这批人将在洋务运动、实业救国等大事业中奋斗，可惜他们最后也失败了，因为他们的盟友实在太少，不肯变通的人实在太多。
曾国藩觉得自己暂时不能理事了，向清廷道明理由后，在李鸿章的保举下，清廷调派曾国藩的得力门生，做过江苏巡抚的丁日常前来协助曾国藩。
此时曾国藩这个理学大儒，儒家精神偶像坍塌的效应，已经扩散到了大明，朱敬伦不在乎那些崇拜曾国藩的保守读书人有多么痛苦，他不能不在乎曾国藩刚刚建立的那些学堂，竟然有可能被人砸毁。