1641年7月5日，吕宋，马尼拉城。
郑芝龙所属的水师舰船，除了二十几艘中小型制的战船继续封锁马尼拉港口外，其余一百余艘大中小船只均已返回台湾和泉州，以减少往来补给的困难。
三个月前，郑军水师大部，在汉洲三艘战船的引领下，径直朝林加延湾东北侧的圣费尔南多小镇驶去。
待船队赶到小镇附近海岸时，果然堵住了躲藏在此处的西班牙战船。郑军水师先是放出十几艘纵火船，大船尽堵住码头外侧，以火炮、火箭远程攻击试图外逃的西班牙战船，众多小船蜂拥抵近，靠帮夺船。经过一番激战，郑军水师烧毁西班牙人两艘战船，击伤并俘获两艘，但有一艘竟然冲破重围，带伤逃往外海，最后躲到蚝镜（今澳门），托庇于葡萄牙人的保护之下。
歼灭了西班牙人的人海上力量，郑军上下均是松了一口气，如此，苟延残喘在马尼拉的西班牙人最终覆灭，已经为时不远了。
4月15日，经过十余天的挖掘，郑军陆师通过掘进的坑道，顺利抵近马尼拉港口区。在驱使数百抓来的土人在前充当炮灰，郑军火枪兵在其后与西班牙展开排枪对射，两千余冷兵器部队架着木梯四下围攻，当日即破港区外围所有护墙工事。
两日后，郑军再次继续驱赶数百土人不间断地冲击港区几座小型堡垒，在付出三百余人的代价下，艰难攻克所有堡垒。码头炮台的西班牙人自感难以坚守，将所有火炮毁坏后，迅速逃入马尼拉城。
由此，郑军彻底控制了马尼拉所有外围要点，形成对西班牙人的四面围困。随后，郑军在马尼拉四野抓获了大量的土人，逼迫他们从外围向马尼拉外城不断地掘进坑道，逐步逼近城墙。
马尼拉城的西班牙守军见状，大为惊恐，日夜驻守在城墙上，不断地用火炮轰击挖掘坑道的土人，试图恐吓他们四散奔逃。但土人在郑军的严密监视下，不得不冒着城头的炮火，亡命地挖掘坑道。好在，土人在被轰击了数天后，稍稍变得机灵了一些，将坑道挖掘的又深又窄，使得城头的火炮很难击中他们。
在消耗了数百土人的的情况下，郑军挖掘的坑道蜿蜒曲折地挖通了马尼拉外城的壕沟，直接抵达城墙附近。随即，郑军陆师主帅陈晖发动了一次大规模的附蚁攻城，但被顽强的西班牙人击退，未能完成破城。
陈晖对此毫不气馁，不断组织小股军队轮番骚扰西班牙守军，试图以自己的人数优势，不断的疲惫城内的敌军。最终，在半月后的一个夜晚，以夜袭的方式，一举攻上城头，至次日天明，占领了马尼拉外城。西班牙残余守军退守更加坚固的内城，继续抵抗郑军的进攻。
攻破了马尼拉外城，郑军士气大振，对于西班牙人最后盘踞的内城，均认为克之不难，只是会稍稍付出些代价而已。
但休整数日后的郑军陆师在发起了几次试探性地攻击后，顿时集体失语了。无他，马尼拉内城异常坚固，而且城墙也比外城高出许多，几乎都是用巨大的条石砌筑。而且，因为内城的防守面积变小，使得西班牙人更能充分利用他们有限武装力量。密集的火炮轰击，不断的排枪射击，使得附蚁攻城的郑军和土人仆从死伤累累。
曾经十分有效的坑道进，在面对马尼拉内城时，也失去了应由的效用。西班牙人在城墙外侧挖掘了一道很深的壕沟，并将一条河水引入壕沟当中。若要强行挖掘坑道，势必会被大量河水倒灌其中，根本无法通行。
可要是不挖掘坑道抵达城墙，那么郑军攻城士卒只能在西班牙人刻意留出的几条狭窄通道穿过一段无任何遮拦的区域，抵近城墙。在此期间，郑军士卒会遭到城头密集的火炮轰击。
就算郑军士卒抵达了城墙附近，还要一段三十多米的土坡需要攀爬，如此仰攻之下，很容易遭到数个凸出的菱堡交叉火力的攒射。
陈晖无奈之下，只能停止进攻，并向全军将士征集能攻克马尼拉内城的方法。但一个多月过去了，四千余郑军顿足于城外，面对防守严密并异常坚固马尼拉内城，毫无寸进，又恢复到数月前围困西班牙人的模式当中。
六月东南信风到来，郑军主帅杨耿考虑到吕宋的西班牙人海上力量基本不复存在，水师大量船只聚集在此，不仅耗费甚多，而且也无多大辅助作用，遂将大部分船只遣回台湾和泉州，仅留下少许船只往来马尼拉和甲米地两地转运物资和人员。
与郑军联合进攻吕宋的三艘汉洲战船随之也返回汉兴岛（今日本宫古岛），准备与汉洲本土陆续到来的移民船队展开一年一度的移民工作。但齐大江在离开时，将第五陆战队一百余官兵留了下来，以加强郑军的火器密度，并应对可能存在的马尼拉攻防战出现的意外情况。
对于如何攻克马尼拉内城，连长苏忠福也是一筹莫展，毫无头绪。虽然，汉洲曾经攻克过帝力城、安汶、古邦等荷兰与葡萄牙人的据点，也攻克过西班牙人的几个城镇。但说实话，那些战例有许多侥幸的地方，有的是因为敌方大意，让汉洲人钻了空子，有的是因为有内应，里应外合一举破城，还有的，则是城防并不是非常严密，凭借猛烈的炮火和悍不畏死的冲锋，才堪堪拿下据点。
但马尼拉内城的防御设施和坚固程度，还是远远超出了汉洲人的想象力度。别说郑军四千多人，即使来一万人，也不一定能将其攻克。唯一的法子，只能这般长期的围困。只是希望城中的西班牙人物资不要太充裕，防守的意志不要太顽强。
“长期围困未尝不可，但西夷不会束手待毙。据俘虏的西班牙人交代，他们在去年九月派出了船只前往他们位于东方的领地，试图搬来救兵。若是西夷动作快一点，也差不多这个时候要来了。”陈晖站在汉洲的营地前，看着远处的马尼拉内城，面上带着一丝焦虑，“你们汉洲人数次攻破荷兰人、葡萄牙，还有西班牙人的据点。面对目前这种情况，就一点都没办法？”
“将军，我们确实也想不出办法来。”第五陆战队连长苏忠福苦着脸说道：“我们是曾攻克过几座西洋堡垒，但面对的所有情况均与这马尼拉内城不一样。这恐怕也是我第一次见到的最为坚固和高大的城池，而且，西夷火器众多，上下也能一心，这委实有些难啃。”
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陈晖叹了一口气，朝跟着过来的施琅摇摇头，我们数千人都想不出办法，若要指望这一百多人的汉洲人，可就有些强人所难了。
施琅无所谓的摊摊手，本来过来询问一下汉洲人，也就是死马当活马医。不过对于最终攻克马尼拉，他还是报以乐观态度的。城中的所有的西班牙人满打满算，也不超过两千人，能凑出来的武装力量也就非常有限。
而郑军虽然经过数月的进攻，损失了数百人，但军队人数还是超过了四千五百多人，大炮、火枪俱有。粮食通过对周边土人部落的剿杀，也缴获了不少，还有占据了甲米地和马尼拉外城，再加上二三十艘小船往来沟通。即使西班牙人来了援兵，他们也不是很担心。航行数万里，耗时几个月，西夷又能拉来多少人与他们作战？
“那是什么？”施琅看到几个汉洲陆战队士兵正在将数十个铁皮罐一一摆放在营地一处空地上，不由好奇地问道。
“我们掷弹兵用的手掷炸弹。”苏忠福说道：“近日雨水较多，受了潮，兵士将其拿出晾晒。”
“手掷炸弹？……威力如何？怎么用？”施琅问道。
“威力尚可。面对大群敌人时，掷弹兵用火绳将炸弹点燃，抛掷敌处，铁罐破开，以碎片击杀敌军。方圆三五米之内，中者伤毙。”
“你们是将火药塞入铁罐之中，然后通过其爆裂来伤人？”
“不错，是将火药和其他助燃物，以及碎铁片、石子等物塞入其中，利用火药爆燃，破开铁皮罐，散发碎片以为杀伤敌人。”
“铁皮罐当中塞入火药，爆燃后，就可轻易破开。若是，做一个巨大的铁皮罐，塞入更多的火药，岂不是可以弄一个威力更加巨大的炸弹！”施琅笑着说道。
“当然，别说巨大的铁皮罐，就是一座山峰，埋入大量火药，也可以将其掀翻炸碎了。”苏忠福说道：‘我们汉洲的矿场，有时为了采掘矿石，就会使用大量火药爆破。’
“火药炸山呀！”施琅心中一动，“若是在一座城池底下，埋入足够多的火药，是不是可以将整座城市炸飞？”
陈晖闻言，怔住了，转头看着施琅。
“将军，我们要不要试试？”施琅眼睛里冒着异样的光芒。
“……试试！”陈晖脸上露出希冀的神情。
在经过了十几天不断袭扰佯攻后，郑军驱使土人亡命地在城墙处挖掘深浅不一大坑数个，其后又发动突袭，掩护土人背负数十桶火药至城墙，在西班牙人惊恐的目光中，迅速点燃火药。
随着一声巨大的爆炸声，马尼拉整个城市均感到一阵剧烈地震动，内城一段十余米的城墙瞬间垮塌。
郑军大声欢呼着，蜂拥朝城墙缺口冲去。
历时半年多的马尼拉攻防战，至此落下帷幕，西班牙驻菲律宾殖民当局所有官员均被郑军俘虏。
因为郑军数次派人进城劝降，论遭西班牙人拒绝，加之去年无端屠杀近万明人。陈晖在命人挑出各类工匠、艺人、妇幼后，对所有西班牙人实施了五一抽杀，均斩首于马尼拉城外八连明人陨难处。
包括西班牙驻菲律宾总督塞瓦斯蒂安·科奎拉以下主要殖民官员，尽数押解至泉州，由福建都督郑芝龙亲自处置。