因为两界时间流速不一样的问题，在琪亚娜获取终焉之力之时，崩坏二的崩坏战争已经暂时落幕。
因为有九霄的干预，神化娜没有自杀，在将崩二的终焉之力交给琪亚娜之后，还引导了琪亚娜她们一段时间。
并在最终决战之中，和迦娜一起打了意志统括者的分身一个措手不及。
蓬莱寺九霄得到了九霄留给阿赖耶识的空间权能运用技巧与心得，有崩坏神的亲自教导，蓬莱寺九霄用点权能还需要氪命吗？
在决战的最后，蓬莱寺九霄直接拦住了迦娜的献祭，切断了迦娜与崩坏宇宙的联系，并将迦娜转移到了其他空间之中。
失去了宇宙通道的意志统括者分身，也就只是一只章鱼被砍下的触手而已。
被比翼鸟琪亚娜&芽衣和蓬莱寺九霄她们轻松解决。
有九霄力量注入强化过的杏，虽然还是与希儿一起制造一场堪比中子星爆炸的量子爆弹，但最后通过时间暂停将自己和希儿组成粒子留下了一部分。
之后赶到的比翼鸟琪亚娜&芽衣通过时间倒流，以杏留下的那些粒子，重新将被炸到宇宙各处的杏和希儿重新凝聚，复活。
而阿赖耶识也被神化娜保留下了灵魂，在众人击败了意志统括者之后，比翼鸟琪亚娜逆转阿赖耶识被崩坏化的身躯，将她重新复活。
可以说，崩二世界的战斗依旧惨烈，牺牲了许多许多。
但是希儿和杏没有死，迦娜没有死，阿赖耶识没有死……该活着的都还活着，这就够了……
在比翼鸟·琪亚娜&芽衣准备前往崩坏宇宙，为那些失控的崩坏能量生物带来救赎的时候。
比翼鸟琪亚娜被崩坏3的终焉神琪亚娜拉进了聊天频道，然后两位琪亚娜就互相交换了力量和情报。
知道了崩坏的源头是九霄之后，比翼鸟也暂缓了前往崩坏宇宙的计划，通过阿赖耶识当初在九霄身上留下的坐标，带人来了崩坏3的世界。
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比翼鸟琪亚娜&芽衣代表着生灵的意志，所言所行所作所为且有世间所有生灵的祝福与协助。
崩坏能量生命就是九霄的眼目，但是它们虽然是崩坏粒子，但有了意识之后，也属于生灵的范畴。
对于比翼鸟琪亚娜&芽衣，崩坏能量们不会背叛九霄去帮助她们，但也不会背叛比翼鸟去帮九霄灭了她们。
所以……除非九霄自己去注视，去看比翼鸟她们，不然崩坏对比翼鸟的感知主打就是一个有东西，但我不说这东西是什么。
于是比翼鸟琪亚娜&芽衣，就在终焉神明琪亚娜的请求下，留在现文明的时空，协调起现文明与前文明的力量，为最终战进行准备。
不仅是协助米丝忒琳成神，阿赖耶识和比翼鸟她们还在帮助芽衣、符华她们掌控她们本该拥有的力量，并逐渐提高至登神的程度。
就连奥托与娑，都被终焉之茧·科塔娜带走毒打了一顿。
然后分给了奥托一些权柄，让他成为虚数之树·终焉之茧·终焉之茧科塔娜的代行者，成就伪神之位。
（从崩坏3后面的剧情看，他们所见到的虚数之树，其实都是终焉之茧……奥托的权柄与力量也都是终焉之茧给的。）
娑则是被科塔娜切除了祂混乱的身体部分，赐给了娑一条能够重来的登神之路。
不过神奇的是，娑自身拒绝了科塔娜的恩赐，而是把薇塔推了出来。
“我已经失败了，在我将神性与人性分离的那一刻我就失败了。把机会给薇塔吧，这是我……这是她……的心愿。”
然后娑又被科塔娜毒打了一顿，就成个神而已，那又那么麻烦，还整起二选一了。
于是科塔娜直接帮娑重走了登神之路，帮薇塔掌握量子之海之中真正的「全知」之力，让她成为全知之神。
娑和薇塔一直渴望成为真正的神明，但成为神明的那一刻，她们才明白「全知」，其实是什么都不知。
她们想要超越终焉之茧，为金星报仇。但成了神之后，她们才能真正发现了自己与终焉之茧科塔娜之间的差距……
神与神之间的差距，有时候就跟整个宇宙与太阳系的差距那么大……
薇塔现在可以轻易的编织命运，操控世界之中的所有人，将银河系握在手中当弹珠打。
但是这样的她依旧连仰望终焉之茧的资格都没有……
也就终焉之茧心善，作为虚数之树的一部分，却还能让人类偶尔见到祂几面……
而终焉之茧·科塔娜就更不用说了，薇塔以前还趁九霄不注意偷偷揍过她……
芽衣、符华、德丽莎、丽塔、奥托、姬子、瓦尔特等等，只要是能够提供上战力的，终焉之茧科塔娜和比翼鸟琪亚娜&芽衣都仅可能的去帮助她们提升实力。
只是，她们好像都忘了一个人。
忘了一个因为九霄离开，直接就当场宣布退役，回老家等九霄回来的黑发少女——无色辉火……
其实科塔娜有想过去找辉火，只要将自己手中属于真正冰之律者的权能交给辉火。
无视熵增定律，无视热力第二定律，打破能量守恒定律，拥有无尽能量的辉火，她一个人的作用，可能会比其他许多人加起来还要大。
但是……终焉之茧科塔娜想了很久，最后也没有去找无色辉火，将手中的权能交给她。
这场决战，无论打的有多激烈，九霄都绝不会碾碎大家的灵魂。
只要灵魂还在，大家都还能复活……
但是辉火不一样，辉火的攻击都会运用她的圣痕。
而她的圣痕效果则是燃烧自己的一切，换取最大的攻击威力。
倘若辉火使用圣痕到极致，不仅会燃烧自己寿命，血肉，更会燃烧自己的记忆，灵魂……
灵魂一旦被燃烧掉，想要复活就直接将一切推倒，让时间在真正意义上的退回到当初的时空
那样的结果，是让正向生长虚数之树开始退化……